结论：亲子鉴定第一次孩子和父亲不匹配，做第二次时一家三口一起做，结果通常不会改变，即孩子和父亲的亲子关系鉴定结果仍然会是不匹配，除非第一次鉴定存在错误或样本被污染等特殊情况。
分析说明：
亲子鉴定的原理：
- 亲子鉴定是基于遗传学原理，通过比较孩子与父母之间的基因序列或遗传标记来确定亲子关系。这种比较是客观、科学的，不受主观因素影响。
- 亲子鉴定的结果通常是非常准确的，只要样本采集正确、实验过程规范，结果的可信度极高。
第一次鉴定不匹配的原因：
- 如果第一次亲子鉴定显示孩子和父亲不匹配，这通常意味着在遗传学上，孩子与所提供的父亲样本之间不存在预期的亲子关系。
- 这种情况可能是由于样本采集错误（如采集了错误的人的样本）、样本污染、实验错误或孩子与所称父亲确实不存在生物学上的亲子关系等原因造成的。
第二次鉴定的影响：
- 即使第二次鉴定时一家三口一起做，即同时采集孩子、母亲和父亲的样本进行鉴定，这并不会改变孩子与父亲之间的遗传学关系。
- 如果第一次鉴定是正确的，那么第二次鉴定（即使包括母亲）也只会确认孩子与母亲之间的亲子关系，而不会改变孩子与父亲不匹配的结果。
- 唯一可能改变结果的情况是第一次鉴定存在错误或样本被污染，而第二次鉴定纠正了这些错误。但这种情况相对较少见，且通常需要通过专业的复查和确认来排除。
特殊情况考虑：
- 在极少数情况下，如果第一次鉴定时由于某种原因（如样本混淆、实验失误等）导致了错误的结果，那么第二次鉴定可能会得出不同的结论。
- 然而，这种情况需要严格的证据支持，并且通常需要通过专业的复查和确认程序来排除或确认。
行动建议：
- 确认鉴定机构的资质和信誉：确保所选择的亲子鉴定机构具有合法的资质和良好的信誉，以减少实验错误或样本污染的风险。
- 考虑复查和确认：如果对第一次鉴定的结果有疑问，可以考虑在另一家具有资质的机构进行复查和确认，以排除实验错误或样本污染的可能性。
- 咨询专业律师：在涉及亲子关系确认的法律纠纷中，建议咨询专业律师以了解相关法律程序和权益保护措施。虽然我已经在这里提供了一些基本的法律分析，但具体情况可能因地区和案件细节而有所不同。
法律背景：
- 亲子鉴定在法律上通常被视为一种证据，用于确认或否认亲子关系。在涉及抚养权、继承权等法律纠纷中，亲子鉴定的结果可能具有决定性的影响。
- 因此，在进行亲子鉴定时，应确保过程的合法性和结果的准确性，以维护当事人的合法权益。