结论：被诈骗五千元，两年多后只追回两千元，仍然有可能立案，但具体能否刑事立案取决于当地的诈骗罪立案标准以及案件的具体情况。不过，即使未达到刑事立案标准，该行为也可能作为治安案件被公安机关处理。

详细分析：

1. 刑事立案标准：

   • 诈骗罪的立案标准因地区而异，但一般来说，诈骗公私财物价值三千元至一万元以上属于“数额较大”，达到这个标准公安机关会以诈骗罪进行刑事立案。因此，如果当地规定的诈骗罪立案标准为三千元，那么您被诈骗的五千元原本是达到刑事立案标准的。但考虑到已经过去两年多，且部分款项已追回，这可能会影响公安机关对案件性质的判断，不过这并不意味着不能立案，特别是如果诈骗行为存在其他严重情节。
   • 特殊情形下，如利用电信技术手段对不特定多数人实施诈骗，或者诈骗手段恶劣、危害严重等，即使数额未达标准，也可能以诈骗罪（未遂）定罪处罚。

2. 治安立案的可能性：

   • 即使诈骗金额未达到刑事立案标准，该行为仍可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》。根据该法第四十九条，盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。因此，公安机关有可能将此案作为治安案件立案处理。

3. 证据的重要性：

   • 无论是刑事立案还是治安立案，提供足够的证据都是关键。这些证据可以包括聊天记录、转账记录、通话录音、对方的信息等。这些证据有助于证明您被诈骗的事实，提高立案的可能性。建议您尽快收集并整理好所有相关证据。

4. 报案建议：

   • 您应尽快向当地的公安机关报案，并提供所有相关的证据和信息。公安机关会根据您的具体情况和当地的法律规定来决定是否立案。在报案时，详细陈述被骗的经过、金额、时间以及已追回的款项等信息，这将有助于公安机关更好地了解案情并作出判断。

后续行动建议：

• 积极配合公安机关调查：如果公安机关决定立案，您应积极配合调查，提供必要的协助和信息。
• 关注案件进展：及时与公安机关沟通，了解案件的进展情况，以便在需要时提供进一步的帮助或信息。
• 考虑民事诉讼：如果刑事立案无望，您还可以考虑通过民事诉讼途径要求诈骗者承担民事赔偿责任，以追回剩余的损失。

最后，我理解您对此事的关切和焦虑。作为专业律师，我建议您尽快采取行动，向公安机关报案并积极配合调查。如果您在报案或后续处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。