结论：在询价文件中总公司中标的情况下，通常不可以由分公司直接签订合同，但在特定条件下可能具有合法性。以下是对此问题的详细分析：

1. 招投标与合同主体的基本原则

   • 招投标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。分公司作为投标人参与投标，是基于其自身的资质、能力、业绩等条件进行竞争的。若总公司中标后由分公司签订合同，或分公司中标后由总公司签订合同，均可能违背招投标的基本规则，损害其他投标人的合法权益，破坏市场竞争的公平性。
   • 从合同法的角度来看，合同主体应当与招投标文件中的主体保持一致。中标后签订合同的主体应与投标主体一致，以确保合同的合法性和有效性。

2. 分公司的法律地位与合同签订

   • 分公司虽然不具有独立法人资格，但其在法律上是可以以自己名义从事民事活动的实体。因此，在招投标法律关系中，中标后签订合同的主体应与投标主体保持一致。
   • 若总公司中标后由分公司签订合同，或分公司中标后由总公司签订合同，将导致合同主体与招投标文件中的主体不一致，这可能引发合同效力上的瑕疵，甚至导致合同无效或可撤销。

3. 特定条件下的合法性探讨

   • 招标人同意：如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许总公司（或分公司）中标后由分公司（或总公司）签订合同，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么这种操作可能具有合法性。
   • 特别授权：如果分公司（或总公司）获得总公司（或分公司）的特别授权，明确授权其就该中标项目签订合同，并且这种授权得到了招标人的充分披露和认可，那么合同签订行为也有可能得到有效处理。

4. 实际操作中的建议

   • 鉴于上述情况，建议在具体操作前详细咨询法律专业人士，如我本人刘新民律师，以确保所有步骤都符合相关法律法规的要求。
   • 在签订合同前，应仔细审查招投标文件、合同条款以及相关法律法规，确保合同主体的合法性和合同的有效性。
   • 若存在特殊情况或疑问，应及时与招标人沟通并寻求法律意见，以避免可能出现的法律风险和问题。

总结：在询价文件中总公司中标的情况下，通常不可以由分公司直接签订合同。但在特定条件下，如获得招标人同意或特别授权的情况下，这种操作可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前咨询法律专业人士。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。