核心结论：三兄弟的土地被他人占用并办理了失地证，可通过协商、行政投诉、民事诉讼或刑事控告等途径解决，具体需结合证据和实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

一、核实失地证办理的合法性

1. 调查取证
   首先需确认失地证办理是否符合法定程序。根据《土地管理法》及《不动产登记暂行条例》，办理失地证需以土地被依法征收、征用或因自然灾害等不可抗力导致土地灭失为前提。若占用者通过伪造文件、冒名顶替等非法手段取得证件，可能涉嫌行政违法甚至刑事犯罪。

2. 申请信息公开
   可向当地自然资源部门申请公开该土地的征收批文、补偿安置方案、失地证办理档案等材料，核查占用者是否具备合法主体资格及程序是否合规。

二、分情况采取救济措施

情况1：占用者无合法依据，失地证办理违法

1. 行政投诉与撤销申请
   向自然资源部门提交书面投诉，要求撤销错误的失地证登记。依据《行政许可法》第六十九条，若证件系以欺骗、贿赂等不正当手段取得，行政机关应依法撤销。

2. 民事侵权诉讼
   若占用行为导致土地收益损失（如租金、种植收益等），可起诉占用者要求停止侵害、返还土地并赔偿损失。需提供土地权属证明（如承包合同、林权证等）及占用事实证据（如照片、证人证言）。

3. 刑事控告（如构成犯罪）
   若占用者伪造公文、印章或冒充三兄弟身份办理证件，可能涉嫌《刑法》第二百八十条的伪造国家机关公文罪或诈骗罪，可向公安机关报案。

情况2：占用者有部分合法依据，但程序存在瑕疵

1. 协商补办手续
   若占用者因历史遗留问题或政策衔接漏洞取得证件，可要求其补办合法征收手续并支付补偿款，同时协商返还部分土地或调整用地范围。

2. 行政复议或诉讼
   对自然资源部门未尽审查义务的行为，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认其登记行为违法并责令改正。

三、关键证据收集与程序要点

1. 权属证明
   需提供土地承包经营权证、集体土地使用证、分家协议等文件，证明三兄弟对土地的合法权利。

2. 占用事实证据
   包括现场照片、视频、占用者自认的录音、村委会证明等，证明土地被实际占用且未获合法补偿。

3. 程序违法证据
   若发现征收公告未公示、听证未举行、补偿未到位等程序瑕疵，可要求行政机关提供完整档案，通过对比法律要求固定违法点。

四、风险提示与建议

1. 时效限制
   行政诉讼需在知道行政行为之日起6个月内提起，民事诉讼诉讼时效为3年，建议尽快行动避免权利过期。

2. 专业协助
   因涉及土地管理法、行政许可法、刑法等多领域交叉问题，建议委托律师协助调查取证、起草法律文书并参与谈判，以提高维权效率。

3. 多元化解
   可申请人民调解委员会介入，或通过乡镇政府、农业农村局等部门组织协商，降低维权成本。

如需进一步分析具体证据或制定诉讼策略，可提供更多细节后继续沟通。