结论：商业用房法拍后若存在非法占用情况，可以通过法律途径进行清退。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与依据
物权法保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》（原《物权法》相关规定）物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。商业用房作为不动产，其所有权人依法享有占有、使用、收益和处分的权利。
- 当商业用房通过法拍程序转移所有权后，新的所有权人即取得对该房产的合法占有权。若存在非法占用情况，新的所有权人有权要求非法占用人腾退房产。
执行程序保障：
- 在法拍过程中，法院会出具执行裁定书，确认房产的权属转移。该裁定书具有法律效力，可以作为新所有权人要求非法占用人腾退的依据。
- 若非法占用人拒不腾退，新所有权人可以向法院申请强制执行，由法院采取强制措施（如查封、扣押、拍卖等）来保障其合法权益。
二、清退流程与步骤
收集证据：
- 新所有权人应收集相关证据，包括法拍成交确认书、执行裁定书、房产证等，以证明其对房产的合法所有权。
- 同时，收集非法占用的证据，如现场照片、视频、证人证言等，以证明非法占用人确实存在占用行为。
发送腾退通知：
- 在收集到充分证据后，新所有权人可以向非法占用人发送书面腾退通知，要求其在一定期限内腾退房产。
- 腾退通知应明确腾退期限、腾退要求及逾期不腾退的法律后果。
申请强制执行：
- 若非法占用人拒不腾退，新所有权人可以向法院申请强制执行。
- 法院在受理申请后，会依法对非法占用人进行传唤、询问，并视情况采取强制措施来保障新所有权人的合法权益。
三、可能遇到的法律问题与应对
非法占用人提出异议：
- 非法占用人可能会以各种理由提出异议，如认为法拍程序违法、对房产享有其他权利等。
- 针对此类异议，新所有权人应积极应诉，提供充分证据证明法拍程序的合法性及自己对房产的合法所有权。
执行难度较大：
- 在某些情况下，非法占用人可能拒不配合执行，甚至采取暴力手段抗拒执行。
- 针对此类情况，新所有权人可以请求法院协调公安、城管等部门共同参与执行，确保执行工作的顺利进行。
四、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 在处理商业用房法拍后的非法占用问题时，新所有权人应及时咨询专业律师，了解相关法律程序和注意事项。
- 律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保新所有权人的合法权益得到有效保障。
保持冷静与理性：
- 在处理此类纠纷时，新所有权人应保持冷静与理性，避免采取过激行为或言语攻击非法占用人。
- 通过法律途径解决问题是最有效、最合法的方式，新所有权人应积极配合法院的执行工作，确保纠纷得到妥善解决。
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