厨师上班退菜扣钱是否合法，需根据具体情况判断，主要看用人单位的规章制度是否合法合理以及退菜原因。以下从不同角度进行分析：

1. 用人单位规章制度合法性角度

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果用人单位的规章制度中明确规定了退菜扣钱的条款，并且该规章制度是经过民主程序制定、公示或告知劳动者的，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，不违反公序良俗的，那么该条款对劳动者具有约束力。在这种情况下，厨师因自身原因导致退菜，用人单位按照规章制度扣钱，可能是合法的。

2. 退菜原因角度

   • 厨师自身原因：如果退菜是由于厨师的烹饪失误、操作不当等自身原因导致的，且用人单位的规章制度中有相关规定，那么用人单位扣钱可能是合理的。但扣钱的金额应当合理，不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 非厨师自身原因：如果退菜是由于顾客原因（如顾客点错菜、对菜品口味不满意但非厨师责任等）、餐厅设备故障、食材问题等非厨师自身原因导致的，那么用人单位扣钱则可能不合法。因为这种情况下，退菜并非厨师的过错，用人单位无权将损失转嫁给厨师。

3. 实际操作建议

   • 对于厨师而言，如果遇到退菜扣钱的情况，首先应当查看用人单位的规章制度，了解退菜扣钱的具体规定。如果认为扣钱不合理或违法，可以与用人单位进行沟通协商，要求用人单位提供扣钱的依据和合理性说明。
   • 如果沟通无果，厨师可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，厨师需要提供相关证据（如退菜单据、工资条、规章制度等）来证明自己的主张。

总结来说，厨师上班退菜扣钱是否合法，取决于用人单位的规章制度是否合法合理以及退菜的具体原因。如果规章制度合法且退菜是厨师自身原因导致的，那么扣钱可能是合法的；但如果规章制度不合法或退菜非厨师自身原因导致的，那么扣钱则可能不合法。厨师在遇到此类情况时，应当了解自己的权益和用人单位的规章制度，必要时寻求法律帮助。