关于行政诉讼确认土地承包合同无效的诉讼时效问题，结论如下：
一般诉讼时效：
- 根据《行政诉讼法》的规定，若公民、法人或其他组织认为行政机关颁发的土地承包合同存在问题，且该行为侵犯了其合法权益，应当自知道或应当知道该行政行为之日起六个月内向人民法院提起诉讼。这是基本的诉讼期限，除非法律另有特别规定。
最长诉讼时效限制：
- 对于因不动产（如土地）提起的诉讼案件，存在一个最长的诉讼时效限制。即，自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院将不予受理。这意味着，如果当事人一直不知道政府颁发土地承包合同的行为，但从颁发之日起算已超过二十年的，即便后来得知也无法再通过诉讼要求确认合同无效。
特殊情况下的时效计算：
- 不知情情况：若当事人因某种原因（如未被告知、信息不透明等）在较长时间内都不知道行政机关作出的行政行为内容，那么诉讼时效应从当事人实际知道或应当知道该行政行为内容之日起计算。这体现了法律对当事人知情权的保护。
- 不可抗力等特殊原因：尽管存在上述时效规定，但在某些特殊情况下（如自然灾害、战争等不可抗力因素），当事人可能无法在法定期限内提起诉讼。对此，《行政诉讼法》允许人民法院在确认这些特殊原因后，仍然可以受理该案件，以确保当事人的合法权益得到救济。
法律背景与建议：
- 法律背景：诉讼时效制度的设立，旨在督促权利人及时行使权利，维护法律秩序的稳定。在行政诉讼中，同样适用这一原则。因此，当事人在发现土地承包合同可能存在问题时，应及时采取行动，以免错过诉讼时效。
- 建议：鉴于土地承包合同无效的行政诉讼时效问题涉及复杂的法律规定和实际情况，建议当事人在发现潜在问题后，及时向我咨询以获取准确的法律意见和策略指导。我将根据具体案情，结合相关法律法规和司法解释，为当事人提供针对性的法律建议和代理服务，确保其在诉讼时效内采取正确的法律行动，有效维护自身权益。
可能法律后果：
- 如果当事人未能在诉讼时效内提起诉讼，且不存在特殊情况（如不知情、不可抗力等），那么人民法院将不予受理其诉讼请求。这意味着，当事人将失去通过法律途径确认土地承包合同无效的机会，可能对其合法权益造成不利影响。
综上所述，处理行政诉讼确认土地承包合同无效的诉讼时效问题时，需综合考虑一般诉讼时效、最长诉讼时效以及特殊情况下的时效计算方式，并根据实际情况灵活应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。