结论：每月上班天数是24天，但扣工资按照21天算，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若未遵循法定工时制度或未与劳动者协商一致，则不合法。以下从不同角度进行分析：

一、法定工时制度的角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，我国实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。若用人单位与劳动者约定的工时制度符合上述规定，且双方对工资计算方式有明确约定，那么按照约定执行是合法的。但若用人单位单方面将每月扣工资的天数定为21天，而实际上班天数为24天，且未与劳动者协商一致，也未遵循法定工时制度进行相应调整，则这一做法是不合法的。

二、工资计算与支付的角度

工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，其计算与支付应当遵循公平、合理的原则。若用人单位按照21天计算工资，而劳动者实际工作了24天，那么用人单位应当按照实际工作天数支付工资，或者与劳动者协商确定一个合理的工资计算方式。如果用人单位未按照实际工作天数支付工资，而是擅自扣减，那么这一做法可能构成克扣工资，是违法的。

三、劳动合同与规章制度的角度

用人单位与劳动者签订的劳动合同以及用人单位制定的规章制度，是确定双方权利义务的重要依据。如果劳动合同或规章制度中明确规定了工资的计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照约定执行。但如果劳动合同或规章制度中未明确规定，或者规定的内容违反法律法规的强制性规定，那么用人单位不得以此为由克扣劳动者工资。

四、实际操作建议

1. 与用人单位协商：如果劳动者发现用人单位存在扣工资不合理的情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位按照实际工作天数支付工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行查处。
3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设某劳动者每月基本工资为5000元，按照法定工时制度，每月应工作21.75天（这是根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》计算出的月计薪天数）。但如果该劳动者实际工作了24天，而用人单位仍然按照21天计算工资，那么用人单位就应当按照实际工作天数支付工资，或者与劳动者协商确定一个合理的工资计算方式。如果用人单位擅自扣减工资，劳动者就有权要求用人单位补发工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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