关于员工建造师证书挂靠在单位并领取补助是否合法的问题，我可以明确地告诉您，这种行为是不合法的。

首先，我们需要明确“挂证”行为的定义。所谓“挂证”，就是指个人将自己的证书挂到非本人单位名下，而挂靠单位则给予其一定的报酬。这种行为在建筑领域尤为常见，一些单位为了满足资质要求或承接项目，会寻求持证人员的“挂靠”。

然而，这种行为是违反国家法律法规的。根据《注册建造师管理规定》第二十六条的规定，注册建造师不得允许他人以自己的名义从事执业活动，也不得出借或以其他形式非法转让资格证书、注册证书和执业印章。这些规定旨在维护建筑市场的秩序，确保工程质量，保护公共安全。

从法律后果来看，“挂证”行为不仅可能导致个人承受经济上的损失，比如无法要回挂靠费用或面临法律诉讼，还可能对个人的职业生涯造成严重影响。例如，证书可能被撤销，甚至需要追究法律责任。此外，对于挂靠单位来说，一旦被发现存在“挂证”行为，也可能面临严重的处罚，包括罚款、吊销资质等。

以具体案例来说，曾有某员工将其建造师资格证“挂”在某公司名下，并约定每月领取报酬。然而，当该公司未按照约定支付报酬时，该员工向法院提起诉讼要求支付报酬。但法院审理后认为，该员工违反规定将建筑师资格证书出借，影响了国家对建筑活动的监督管理，扰乱了建筑市场秩序，因此判决驳回了其诉讼请求。

综上所述，员工建造师证书挂靠在单位并领取补助的行为是不合法的。这种行为不仅违反了国家法律法规，还可能对个人和单位造成严重的法律后果。因此，我建议您和您的单位都应遵守相关法律法规，拒绝参与任何形式的“挂证”行为，共同维护建筑市场的秩序和公共安全。