小型客车第二次改装座位属于非法改装行为，处罚方式主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，具体处罚如下：

1. 罚款与责令恢复原状
   根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。若小型客车第二次改装座位（如增加或减少座位数量、改变座椅布局等），公安机关交通管理部门将责令恢复原状，并处以500元以下罚款。若未在规定期限内恢复原状，可能面临更高额度的罚款或强制执行。

2. 扣留机动车与强制报废（严重情形）
   若改装行为导致车辆安全性能严重下降（如影响制动、转向系统），或存在其他重大安全隐患，交警部门可扣留机动车，并要求车主限期整改。若车辆经鉴定无法恢复安全状态，可能被强制报废。

3. 影响年检与保险理赔
   非法改装车辆无法通过年检，需恢复原状后重新检验。此外，若改装未告知保险公司，发生事故时可能面临保险拒赔风险，需自行承担损失。

4. 刑事责任风险（极端情况）
   若改装车辆用于非法营运（如超员载客）、危险驾驶等行为，且造成严重后果，可能触犯《刑法》中的危险驾驶罪或交通肇事罪，面临刑事处罚。

建议：

• 若已改装，应立即联系交警部门或专业机构恢复车辆原状，避免进一步处罚。
  
• 未来若需改装，需提前向车辆管理所申请变更登记，确保合法合规。
  

如有其他细节疑问（如具体改装情形、地方性法规差异等），可直接向我咨询，我会结合实际情况进一步分析。