结论：根据新闻背景，博思软件拟通过发行股份方式收购博思致新剩余49%股权，并定向募集配套资金，该交易程序是否合规需从交易方式、信息披露、股东权益保护、审批与备案及反垄断审查等多维度综合判断。目前公开信息未显示明显违规点，但需进一步核查交易细节及程序履行情况。以下为具体分析：

一、交易方式与程序合规性

1. 发行股份购买资产
   根据《上市公司重大资产重组管理办法》（2023年修订）第43条，上市公司发行股份购买资产需满足：

   • 交易有利于提高资产质量、改善财务状况；
     
   • 发行价格不低于市场参考价的90%（本次交易未披露定价细节，需核查是否符合该规则）；
     
   • 上市公司最近一年及一期财务会计报告需经审计（需确认博思软件是否已履行审计程序）。
     新闻背景关联：博思软件拟通过发行股份购买资产，需确保定价公允性及审计程序合规，否则可能面临证监会责令暂停或终止重组的风险。

2. 募集配套资金
   根据《上市公司证券发行注册管理办法》第12条，募集配套资金需用于支付交易费用、补充流动资金或标的资产项目建设（如政务行业通用服务平台项目）。
   新闻背景关联：博思软件拟募集1.6亿元，其中1亿元用于政务平台项目、0.6亿元补充流动资金，用途符合规定，但需核查募集资金总额是否超过交易作价的25%（本次交易作价2.43亿元，25%为0.6075亿元，补充流动资金部分可能超限，需进一步确认）。

二、信息披露与股东权益保护

1. 临时报告义务
   根据《证券法》第80条，上市公司发生可能对股价产生重大影响的事件（如收购股权）需在2个交易日内披露。
   新闻背景关联：博思软件已公告交易方案，履行了初步披露义务，但需核查是否披露交易对方、标的资产财务数据、评估方法等关键信息。

2. 股东大会决议
   根据《公司法》第103条，重大资产重组需经出席股东大会的股东所持表决权2/3以上通过，且关联股东需回避表决（如控股股东陈航）。
   新闻背景关联：若博思软件召开股东大会审议交易，需确保程序合法，避免控股股东操纵表决结果。

三、审批与备案程序

1. 交易所审核
   根据《上市公司重大资产重组管理办法》第19条，上市公司需向交易所提交重组报告书等文件，交易所自受理申请后10个工作日内决定是否受理。
   新闻背景关联：博思软件需向深交所提交材料，并等待审核意见，若未获受理或需补充材料，交易可能延期。

2. 证监会注册
   根据《证券法》第19条，上市公司发行股份购买资产需经证监会注册（科创板/创业板）或核准（主板）。
   新闻背景关联：博思软件需等待证监会注册结果，若未通过，交易将终止。

四、反垄断审查（如适用）

根据《反垄断法》第26条，若交易达到经营者集中申报标准（如营业额标准），需向市场监管总局申报审查。
新闻背景关联：需核查博思软件与博思致新的营业额是否触发申报义务，若未申报而实施集中，可能面临罚款（最高为上年度销售额10%）。

五、热点事件延伸思考

1. 行业警示意义
   上市公司收购关联方股权时，需特别注意定价公允性、募集资金用途合规性及关联交易回避程序，否则可能引发监管关注或股东诉讼。

2. 类似情况预防措施

   • 提前委托独立财务顾问对标的资产进行评估；
     
   • 在交易方案中明确募集资金用途及限额；
     
   • 召开股东大会时确保中小股东参与权（如提供网络投票）。

法律建议：若您是博思软件股东或投资者，建议重点关注交易定价合理性、募集资金用途合规性及股东大会表决程序；若您是交易对方，需确保标的资产权属清晰、无未披露负债。如有进一步疑问，可直接向我咨询公司法务领域问题。