结论：能否立案取决于多个因素，包括合同的具体条款、是否存在欺诈或显失公平等情形，以及您能否提供充分的证据支持自己的主张。仅凭“花了6000买摩托车但实际只值3000”这一信息，并不能直接确定能否立案，但您可以根据以下分析来评估自己的情况并采取相应措施。
分析：
合同条款的审查：
- 首先，您需要仔细审查购车合同中的条款，特别是关于价格、质量、价值评估等方面的约定。
- 如果合同中明确约定了摩托车的价值或价格评估方式，且实际价值与约定价值存在显著差异，这可能构成合同违约或显失公平的依据。
欺诈或显失公平的认定：
- 如果卖家在销售过程中存在欺诈行为，如故意隐瞒摩托车的真实价值、虚构事实或误导您，您可能有权要求撤销合同或寻求赔偿。
- 显失公平是指合同双方的权利义务明显不对等，导致一方遭受重大损失。如果6000元的价格与摩托车的实际价值3000元相差悬殊，且这种差异是由于卖家的优势地位或您的缺乏经验造成的，可能构成显失公平。
证据的收集与提供：
- 要立案并成功维权，您需要提供充分的证据来支持自己的主张。这可能包括购车合同、付款凭证、摩托车的价值评估报告、与卖家的沟通记录等。
- 特别是摩托车的价值评估报告，这是证明摩托车实际价值的关键证据。您可以委托专业的评估机构进行评估，并获取书面评估报告。
法律程序的启动：
- 在收集到充分证据后，您可以向当地法院提起诉讼，要求撤销合同、返还购车款或寻求赔偿。
- 法院将根据您提供的证据和法律规定，对案件进行审理并作出判决。
建议：
- 与卖家协商：在采取法律行动之前，您可以尝试与卖家进行协商，看是否能够达成和解或调整价格。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业的合同纠纷律师，以获取更具体、更个性化的法律建议。
- 准备充分证据：无论您选择协商还是诉讼，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。因此，请务必妥善保管所有与购车相关的文件和记录。
可能后果：
- 如果法院认定卖家存在欺诈或显失公平的行为，您可能有权要求撤销合同、返还购车款并获得赔偿。
- 如果法院认为合同是双方自愿签订的，且价格差异不构成欺诈或显失公平，您可能需要接受当前的价格或寻求其他救济方式（如要求卖家提供额外的服务或补偿）。
总之，能否立案并成功维权取决于多个因素。我建议您根据自己的具体情况，采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。