违法的合作协议通常无效，但需根据具体情况进行深入分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、违法合作协议的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。这意味着，如果合作协议的内容直接违反了这些规定，那么该协议自始无效，对双方不产生法律约束力。同时，如果协议违背公序良俗，如限制他人婚姻自由或约定进行代孕等，同样会被认定为无效。
二、违法合作协议的具体情形分析
违反效力性强制性规定：
- 如果合作协议的内容违反了法律的效力性强制性规定，如买卖毒品、走私等严重违法行为，那么该协议将被认定为无效。这种无效是自始的、绝对的，对双方均无约束力。
违反管理性强制性规定：
- 对于某些管理性强制性规定，如未取得特定资质证书而签订的合同，虽然可能面临行政管理部门的处罚，但并不一定导致协议无效。然而，如果这种违规行为严重到影响合同目的的实现或损害国家利益、社会公共利益，那么协议仍可能被认定为无效。
违法条款可分离的情况：
- 如果合作协议中的违法条款并非合同的核心内容，且可以与其他合法条款相分离，那么合同的其他部分仍然有效。例如，在一份合作协议中，如果仅某一条款涉及偷税漏税等违法行为，而该条款并非合同的关键部分，那么该条款无效，但合作协议的其他部分依然有效。
三、违法合作协议的法律后果
一旦合作协议被认定为无效，它将自始没有法律约束力。这意味着：
- 行为人因该协议取得的财产应当予以返还；
- 不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿；
- 有过错的一方应赔偿对方因此受到的损失；
- 如果各方都有过错，则各自承担相应的责任。
四、实际建议与操作
审查协议内容：
- 在签订合作协议之前，务必仔细审查其内容是否合法合规，确保不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
咨询专业意见：
- 如果对协议内容的合法性存在疑问，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议。作为专注于海事商事、合同纠纷、国际贸易领域的律师，我可以为你提供专业的法律意见。
及时修改协议：
- 如果发现合作协议中存在违法条款，应及时与对方协商修改，以维护合同的合法性和有效性。
保留证据：
- 在签订和履行合作协议过程中，应保留好相关证据，如协议文本、沟通记录、付款凭证等，以备不时之需。
综上所述，违法的合作协议通常无效，但具体效力需根据协议内容、违法程度以及签订过程等因素进行深入分析。如果你有任何关于合作协议的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。