结论前置：在行政案件中，若违法行为已过追诉时效，行政机关一般不得再对该违法行为进行处罚，但存在特殊情况（如已立案调查或涉及公共利益等）时可能例外。接下来，我将从多个角度为您详细分析这一问题。
一、追诉时效的法律规定
行政处罚法规定：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；若涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年，法律另有规定的除外。
- 时效的计算通常从违法行为发生之日起计算；若违法行为有连续或者继续状态，则从行为终了之日起计算。
时效制度的目的：
- 追诉时效制度的设立，旨在维护法律秩序的稳定性和保护公民的合法权益，避免对已过去较长时间的违法行为进行无休止的追究。
二、已过追诉时效的法律后果
一般情况：
- 在一般情况下，如果违法行为已经超过了追诉时效，行政机关就不能再对该违法行为给予行政处罚。这是法律对行政机关行使处罚权的一种限制，也是保障公民合法权益的重要体现。
特殊情况：
- 已立案调查：如果行政机关在追诉期内已经对违法行为进行了立案调查，即使后续的调查时间超出了追诉时效，也不影响行政处罚的作出。这是因为行政机关已经启动了调查程序，对违法行为的追究已经在进行中。
- 涉及公共利益：在某些特殊情况下，如违法行为涉及公共利益或其他法定不受追诉期限制的情形，案件仍可能受到处理。这是为了维护社会公共利益和法律秩序的稳定。
三、处理程序与当事人权利
时效抗辩：
- 当事人在行政案件中，如果发现违法行为已经超过了追诉时效，有权向行政机关提出时效抗辩。行政机关在收到抗辩后，应当进行审查，并作出相应的处理决定。
行政机关审查与决定：
- 行政机关在审查时效抗辩时，需要核实违法行为的时间、是否连续或继续、是否属于特殊延长时效等情形。如果确认已过追诉时效，行政机关应作出不予处罚的决定，并以书面形式说明事实依据和法律依据。
当事人后续权利：
- 即使案件已过追诉时效，当事人仍有权向相关部门反映情况或寻求其他合法途径维护自身权益。例如，对于造成的民事损害，受害人可以通过民事诉讼要求违法行为人承担赔偿责任。
四、实践中的注意事项
时效计算的准确性：
- 行政机关和当事人在处理行政案件时，务必准确计算违法行为的追诉时效期限，以避免因时效计算错误而导致的法律后果。
特殊情况的谨慎处理：
- 对于涉及公共利益等特殊情况的案件，行政机关应谨慎处理，必要时可以咨询专业法律人士或上级机关的意见，以确保案件处理的合法性和合理性。
法律文书的规范性：
- 行政机关在作出不予处罚决定时，应以书面形式明确说明事实和法律依据，以确保法律文书的规范性和权威性。
总结与建议：在行政案件中，如果违法行为已经超过了追诉时效，行政机关一般不得再对该违法行为进行处罚。但存在特殊情况时，如已立案调查或涉及公共利益等，案件仍可能受到处理。因此，当事人在处理行政案件时，应密切关注时效问题，并在必要时提出时效抗辩。如果您在行政案件中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。