核心结论：公司查三个月考勤发现有问题时，员工应先核实考勤异常的具体情况，再根据不同原因采取针对性措施；若公司据此处罚，需判断处罚是否合法合理，必要时可通过法律途径维权。以下是具体分析：

1. 先核实考勤异常的具体情况

• 查看考勤记录：要求公司提供详细的考勤记录，包括打卡时间、地点（如有定位打卡）、缺勤或迟到早退的具体日期和时长等。这是后续处理的基础，只有明确问题所在，才能针对性解决。例如，若记录显示某天未打卡，但自己实际正常出勤，可能是打卡设备故障或忘记打卡。
• 确认公司考勤制度：了解公司关于考勤的规定，如迟到早退的界定标准、缺勤的处罚措施、请假流程等。不同公司的考勤制度差异较大，有些公司规定迟到超过30分钟算旷工半天，有些则可能有更宽松或严格的标准。

2. 根据不同原因采取针对性措施

• 自身原因导致
  • 忘记打卡：如果是因为疏忽忘记打卡，应及时向公司说明情况，并按照公司规定的补卡流程进行补卡。有些公司允许员工在一定期限内申请补卡，并提供相关证明（如同事证明、工作记录等）。
  • 迟到早退或缺勤：若是因个人原因出现迟到早退或缺勤，应诚恳向公司承认错误，并接受公司的相应处理。同时，要吸取教训，避免再次出现类似情况。
• 非自身原因导致
  • 打卡设备故障：若考勤异常是由于打卡设备故障、网络问题等非个人原因造成的，应收集相关证据，如其他同事也出现类似情况的证明、设备维修记录等，向公司说明情况，要求公司更正考勤记录。
  • 公司统计错误：如果公司统计考勤时出现错误，如将正常出勤记录为缺勤，员工应及时与公司人力资源部门或相关负责人沟通，提供准确的出勤证据，要求公司修正考勤记录。

3. 判断公司处罚是否合法合理

• 合法性：公司根据考勤制度对员工进行处罚，必须符合法律法规的规定。例如，公司不能以旷工为由随意解除劳动合同，根据《劳动合同法》，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，但“严重违反”需要有明确的界定和合理的依据。如果公司的考勤制度未经民主程序制定或未向员工公示，那么该制度可能对员工不具有约束力。
• 合理性：即使公司的处罚符合法律规定，也需要考虑其合理性。例如，员工偶尔迟到几分钟，公司给予警告或轻微罚款可能是合理的，但如果给予过重的处罚，如扣除大量工资或解除劳动合同，则可能不合理。员工可以与公司协商，要求调整处罚措施。

4. 维权途径

• 协商解决：如果与公司就考勤问题和处罚措施无法达成一致，员工可以先尝试与公司进行协商，通过沟通解决问题。在协商过程中，要保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由。
• 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，需要提交相关的证据，如考勤记录、工资条、劳动合同、公司处罚通知等，以证明自己的主张。
• 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。