结论：房贷晚了几天还款被扣违约金，这通常是基于贷款合同中的相关约定，是合法且常见的做法。不过，具体是否合理以及违约金的数额是否恰当，需要结合贷款合同的具体条款以及相关法律法规来综合判断。
分析说明：
合同约定优先：
- 在您与银行签订的房贷合同中，通常会明确约定还款日期、还款方式以及逾期还款的违约责任。如果合同中明确规定了逾期还款需要支付违约金，那么银行在您逾期还款时扣除违约金是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
违约金数额的合理性：
- 违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果银行收取的违约金过高，您有权要求银行进行调整。
- 判断标准：一般来说，违约金的数额应当与逾期还款造成的实际损失相当，包括但不限于银行因此产生的资金成本、管理成本等。如果违约金数额明显高于这些实际损失，可能被视为不合理。
应对措施：
- 查看合同：首先，您需要仔细查看房贷合同中关于逾期还款和违约金的条款，了解银行收取违约金的具体依据和数额。
- 与银行沟通：如果您认为银行收取的违约金不合理，可以与银行进行沟通，说明您的理由和依据，要求银行进行调整。
- 寻求法律帮助：如果与银行沟通无果，您可以咨询专业律师（比如我，李娜律师，专注于房产纠纷等领域），了解您的法律权益和可能的维权途径。
特殊场景：
- 如果房贷合同中没有明确约定逾期还款需要支付违约金，或者约定的违约金数额明显不合理，那么银行在您逾期还款时扣除违约金可能缺乏合法依据。在这种情况下，您有权拒绝支付不合理的违约金，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
行动建议：
- 建议您首先仔细审查房贷合同中的相关条款，了解银行收取违约金的具体依据和数额。
- 如果您对合同条款或银行的做法有任何疑问或不满，及时与银行进行沟通，并保留好相关证据（如合同、还款记录、沟通记录等）。
- 如果沟通无果，或者您认为自己的权益受到了侵害，不要犹豫，直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。