结论：通过行贿取得工程被查处后，相关款项是否会被没收，这取决于多种因素，包括行贿所得的具体情况、法律程序以及司法机关的裁量等。一般来说，行贿所得的不正当利益，包括通过行贿获得的工程项目及其收益，是有可能被依法没收的。

详细分析：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，行贿罪是指为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的行为。对于行贿罪，法律不仅规定了刑事处罚，还规定了对于行贿所得的不正当利益的追缴和没收。
   • 同时，《中华人民共和国刑事诉讼法》也规定了对于犯罪所得的追缴和没收程序，确保犯罪分子不能因其犯罪行为而获得任何不正当利益。

2. 没收款项的可能性：

   • 如果通过行贿获得的工程项目已经被查处，并且司法机关认定该工程项目是通过行贿手段获得的，那么该工程项目及其可能产生的收益，包括已经获得的工程款、预期收益等，都有可能被依法没收。
   • 没收的具体程序通常包括：司法机关在侦查、起诉或审判过程中，发现犯罪分子通过行贿获得的不正当利益；依法作出没收决定；执行没收决定，将没收的款项上缴国库。

3. 影响没收的因素：

   • 行贿所得的具体情况：如果行贿所得已经转化为其他形式的资产或已经消耗殆尽，那么没收的难度可能会增加。但司法机关仍会尽力追缴其等值财产。
   • 法律程序：没收款项需要遵循严格的法律程序，包括侦查、起诉、审判等阶段。只有在司法机关依法作出没收决定后，才能执行没收。
   • 司法机关的裁量：在具体案件中，司法机关会根据案件的具体情况、行贿的严重程度、行贿所得的数量等因素进行裁量，决定是否没收以及没收的数额。

4. 后续影响与建议：

   • 如果相关款项被没收，这将对涉案企业或个人产生严重的经济影响。因此，建议企业或个人在面临此类情况时，积极配合司法机关的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。
   • 同时，企业或个人也应加强自身的合规管理，避免涉及行贿等违法行为，以维护自身的合法权益和声誉。

总结与启示： 通过行贿取得工程被查处后，相关款项是否会被没收取决于多种因素。但无论如何，行贿都是违法行为，不仅会对个人或企业造成严重的法律后果，还会损害社会的公平和正义。因此，建议大家遵守法律法规，远离行贿等违法行为。如果您或您身边的人涉及此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。