针对您提出的“职工在职死亡档案怎么处理”的问题，这主要涉及到职工在职死亡后的社保清算、丧葬费和抚恤金的申领，以及相关档案的处理。以下我将根据不同地区的政策，为您详细解答：

一、社保清算及丧葬费、抚恤金申领

1. 北京市政策：

   • 根据《北京市企业职工基本养老保险遗属待遇申领经办流程》，在职职工因病或非因工死亡后，其遗属应通过参保人员所属单位申领遗属待遇。若单位因注销等原因处于终止、中断缴费状态，则可由申领人直接申领。
   • 需办理“在职身故一件事”业务，该业务线上线下均可办理。
   • 所需材料包括：《北京市社会保险关系终止(结算)类业务申请表》、《北京市企业职工基本养老保险遗属待遇申领表(在职死亡)》、参保人的死亡证明复印件和申领人的身份证件复印件。
   • 若参保人存在外省实际缴费和档案，需通过线下申报的形式申请办理，并加收《在职死亡人员视同缴费年限认定申请表》。

2. 安徽省政策（以六安市为例）：

   • 在职参保人员因病非因工死亡后，其遗属可申领丧葬费和抚恤金。
   • 所需材料包括：法定继承人申请、死亡人员《职工养老保险手册》及相关票据、死亡人员火化证和死亡通知书原件及复印件、参保单位或户口所在地街道出具的相关证明、法定继承人和去世人员的身份证及证明法定继承人身份的相关手续原件及复印件、法定继承人的有效银行卡复印件。
   • 办理方式为窗口/现场办理，办理时限为20个工作日，结果可现场领取或快递送达，且本事项不涉及收费。

二、档案处理

1. 档案转移：

   • 职工在职死亡后，其个人档案通常应由其所属单位负责处理。若单位继续存在，档案可继续保存在单位；若单位已注销或无法继续保管档案，则应将档案转移至职工户籍所在地的人才交流中心或公共就业服务机构进行保管。

2. 档案利用：

   • 在处理职工在职死亡后的相关事宜时，如申领丧葬费和抚恤金等，可能需要利用职工的个人档案来核实其身份、工作年限等信息。因此，在档案转移或保管过程中，应确保档案的完整性和可利用性。

3. 特殊情况处理：

   • 若职工在职死亡后存在未了结的社保、公积金等事宜，其档案可能需暂时保留在原单位或相关机构以配合处理这些事宜。待事宜处理完毕后，再按照上述规定进行档案转移或保管。

三、建议与注意事项

1. 及时咨询：

   • 由于不同地区的政策可能存在差异，建议您在处理职工在职死亡后的相关事宜时，及时咨询当地的人力资源和社会保障局或相关机构以获取准确的信息和指导。

2. 准备齐全材料：

   • 在申领丧葬费和抚恤金等遗属待遇时，请确保准备齐全所需的材料，并按照规定的流程进行办理，以避免因材料不全或流程不符而导致的办理延误或失败。

3. 关注档案安全：

   • 在处理职工个人档案时，请确保档案的安全和完整，避免档案丢失或损坏。同时，也请注意保护职工的个人隐私和信息安全。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。