结论：工程师因设计遗漏造成预算超支，是否需要扣工资，不能一概而论，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定、工程师是否存在故意或重大过失等因素。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度与劳动合同约定

1. 公司规章制度：如果公司有明确的规章制度，规定因员工个人原因（如设计遗漏）导致公司损失时，可以扣除相应工资或进行其他处罚，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知员工，那么公司有可能依据此规章制度对工程师进行扣工资等处罚。但需要注意的是，扣除工资的数额应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 劳动合同约定：如果劳动合同中有明确约定，因工程师设计遗漏导致预算超支，公司有权扣除一定比例的工资作为赔偿，那么公司也有权依据劳动合同进行扣工资。但同样，扣除的数额和方式需要符合法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。

二、工程师是否存在故意或重大过失

1. 故意行为：如果工程师是故意设计遗漏，以谋取个人私利或损害公司利益，那么公司不仅有权扣除工资，还有权追究其法律责任，包括要求赔偿损失等。

2. 重大过失：如果工程师因重大过失导致设计遗漏，如未按照行业标准或公司要求进行设计，或者未进行充分的审查和核对等，那么公司也有权根据具体情况扣除一定比例的工资作为赔偿。但扣除的数额应当合理，且需要考虑到工程师的实际经济状况和承受能力。

三、法律限制与保护

1. 法律限制：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司扣除员工工资需要符合法定条件和程序，不能随意扣除。扣除工资的数额和方式需要明确、合理，且需要经过员工同意或依据合法有效的规章制度、劳动合同进行。

2. 员工保护：员工有权要求公司按照法律法规和劳动合同约定支付工资，并有权对公司的违法行为进行投诉和举报。如果公司违法扣除工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

四、建议与措施

1. 沟通协商：如果发生因设计遗漏导致预算超支的情况，建议工程师与公司进行沟通协商，了解公司的具体要求和处罚措施，并尝试达成一致意见。

2. 审查规章制度与劳动合同：工程师可以审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于工资扣除的条款和规定，以便更好地维护自己的权益。

3. 寻求法律帮助：如果工程师认为公司的处罚措施不合理或违法，可以寻求法律帮助，咨询专业律师的意见，并考虑通过法律途径维护自己的权益。

总结：工程师因设计遗漏造成预算超支，是否需要扣工资需根据具体情况判断。建议工程师在遇到此类情况时，先与公司沟通协商，并审查相关规章制度和劳动合同，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。