遇到单位工资扣款有问题，你可以按照以下步骤处理：

1. 核实扣款依据与明细
   首先，要求单位提供详细的工资条或扣款说明，明确扣款的具体项目、金额及依据（如规章制度、劳动合同条款等）。若单位无法提供合法依据，或扣款项目与约定不符（如未经同意的罚款、超范围扣款等），则可能涉及违法扣款。

2. 与单位协商沟通
   若发现扣款存在问题，可先与单位人事或财务部门沟通，要求书面解释扣款原因。若单位承认错误，应要求补发被扣工资；若单位拒绝，需进一步采取法律手段。

3. 收集证据并投诉
   若协商无果，需收集以下证据：劳动合同、工资条、考勤记录、单位规章制度、沟通记录（如邮件、微信）等。随后可向当地劳动监察大队投诉（通常需在违法行为发生后2年内提出），劳动监察部门会介入调查并责令单位整改。

4. 申请劳动仲裁
   若投诉未解决，可向劳动合同履行地或单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张单位支付被扣工资及可能的赔偿金（如单位恶意克扣工资，可能需支付25%经济补偿金）。仲裁裁决具有法律效力，单位拒不履行可申请法院强制执行。

5. 注意时效与程序
   劳动争议申请仲裁的时效为1年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。建议优先通过协商、投诉解决，若涉及复杂争议（如扣款是否合法、赔偿金额等），可直接向我咨询具体操作流程。

关键提醒：单位扣款必须合法合理，例如：

• 仅能扣缴社保、个税、法院判决等法定项目；
  
• 扣款后工资不得低于当地最低工资标准；
  
• 除法定情形外，单位不得随意罚款或以“绩效不达标”等理由克扣工资。
  

若单位存在违法扣款行为，建议尽快通过法律途径维权，避免超过时效。如有具体扣款情况或证据材料，可直接向我咨询进一步处理方案。