结论概述：根据新闻背景，北京地铁6号线通运门地铁站计划于今年6月30日开通，且该站在建设过程中勘探出了明代通州古城墙和瓮城遗址。关于地铁建设过程中涉及文物保护程序是否合规的问题，需结合文物保护相关法律法规及具体建设流程来分析。从现有信息看，未直接表明存在不合规情形，但合规性需通过审查建设过程中的文物保护措施、审批程序等来综合判断。以下从多个维度进行详细分析：

一、文物保护相关法律法规

1. 《中华人民共和国文物保护法》：该法规定了文物保护的基本原则、保护范围、保护措施以及法律责任等。在地铁建设等大型基础设施项目中，涉及文物保护的，必须严格遵守该法的相关规定。
2. 《中华人民共和国文物保护法实施条例》：该条例对文物保护法的具体实施进行了细化，包括文物保护单位的保护范围和建设控制地带的划定、考古发掘的管理等。

二、地铁建设过程中文物保护程序的合规性分析

1. 考古勘探与发掘：

   • 根据《文物保护法》及相关规定，进行大型基本建设工程前，建设单位应当事先报请省、自治区、直辖市人民政府文物行政部门组织从事考古发掘的单位在工程范围内有可能埋藏文物的地方进行考古调查、勘探。
   • 新闻背景中提到，2011年3月，正在施工的地铁6号线通运门站东南部勘探出了通州古城墙及瓮城遗址，这表明在建设过程中进行了考古勘探，并发现了重要文物。

2. 文物保护措施：

   • 发现文物后，建设单位应当立即停止施工，保护现场，并报告当地文物行政部门。
   • 文物行政部门应当在接到报告后24小时内赶赴现场，并在7日内提出处理意见。
   • 从新闻背景看，为妥善保护遗址，地铁6号线二期开通时，通运门站暂缓开通，这表明采取了相应的文物保护措施。

3. 审批程序：

   • 因建设工程特别需要而必须对文物保护单位进行迁移、拆除的，应当报省、自治区、直辖市人民政府批准；在批准前应当征得国务院文物行政部门同意。
   • 在本案例中，未提及对文物保护单位进行迁移或拆除的情况，而是采取了与遗址公园一体化设计的方案，这通常需要经过相关部门的审批和同意。

三、合规性判断与后续建议

1. 合规性判断：

   • 从现有信息看，地铁6号线通运门站在建设过程中进行了考古勘探，发现了文物后采取了暂缓开通等保护措施，并计划与遗址公园一体化设计，这表明建设单位在一定程度上遵守了文物保护的相关法律法规。
   • 然而，要全面判断其合规性，还需审查具体的文物保护措施是否到位、审批程序是否合法等。

2. 后续建议：

   • 建设单位应继续完善文物保护措施，确保遗址得到妥善保护。
   • 加强与文物行政部门的沟通与合作，及时报批相关手续，确保建设过程的合法合规。
   • 公众可关注相关部门的公告或报告，了解地铁建设过程中文物保护的具体情况。

四、热点事件延伸思考

1. 法律后果：

   • 如果地铁建设过程中存在违反文物保护法律法规的行为，建设单位可能面临行政处罚，甚至刑事责任。
   • 同时，违规行为也可能对文物造成不可逆转的损害，影响历史文化的传承。

2. 对相关行业的警示意义：

   • 地铁建设等大型基础设施项目在规划、施工等过程中应充分考虑文物保护因素，避免对文物造成破坏。
   • 相关行业应加强文物保护意识，遵守相关法律法规，确保建设活动的合法合规。

3. 类似情况的预防措施：

   • 在项目规划阶段，应充分进行考古勘探和调查，了解项目范围内的文物分布情况。
   • 制定详细的文物保护方案，明确保护措施和责任主体。
   • 加强与文物行政部门的沟通与合作，及时报批相关手续，确保建设过程的合法合规。

综上所述，地铁6号线通运门站在建设过程中涉及文物保护程序的合规性需通过审查具体的文物保护措施、审批程序等来综合判断。从现有信息看，未直接表明存在不合规情形，但建设单位应继续完善文物保护措施，确保遗址得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。