结论：人身意外保险发生交通事故后，若双方协商达成赔偿，保险公司是否赔偿需分情况讨论，具体如下：

1. 若协商赔偿未覆盖保险责任范围
   人身意外保险的赔偿通常基于保险合同约定的责任范围（如医疗费、伤残赔偿金、身故赔偿金等）。若双方协商的赔偿仅涉及交通事故中对方（第三者）的侵权责任（如车辆维修费、误工费等），且未涉及被保险人自身的人身损害赔偿，则保险公司仍需根据保险合同对被保险人的人身损害进行赔付。
   示例：被保险人在交通事故中受伤，与对方协商仅赔偿车辆损失，未涉及医疗费。此时，保险公司仍需对被保险人的医疗费、伤残等按合同约定赔付。

2. 若协商赔偿已覆盖保险责任范围
   若双方协商的赔偿中已明确包含被保险人的人身损害赔偿（如医疗费、伤残赔偿等），且赔偿金额等于或超过保险公司应赔付的金额，则保险公司可能不再重复赔付。但需满足以下条件：

   • 被保险人需签署权益转让书：若被保险人从第三方获得全额赔偿后，需将向保险公司索赔的权利转让给第三方（如对方车主或其保险公司），此时保险公司不再赔付；
     
   • 保险合同无特别约定：部分保险合同可能约定“被保险人已获第三方赔偿的，保险公司不再赔付”，但此类条款需符合《保险法》及相关司法解释的规定（如不得排除被保险人依法享有的权利）。

3. 若协商赔偿部分覆盖保险责任范围
   若协商赔偿仅覆盖部分人身损害（如仅赔偿医疗费，未赔偿伤残赔偿金），则保险公司仍需对未覆盖的部分（如伤残赔偿金）按合同约定赔付。
   示例：被保险人与对方协商仅赔偿医疗费1万元，但根据保险合同，伤残赔偿金为5万元。此时，保险公司仍需赔付5万元伤残赔偿金。

4. 特殊情形：补偿原则与损失填补
   根据《保险法》第四十六条，被保险人因第三者的行为发生死亡、伤残或疾病等保险事故的，保险人向被保险人或受益人给付保险金后，不享有向第三者追偿的权利，但被保险人或受益人仍有权向第三者请求赔偿。因此，人身意外保险的赔付不适用“损失填补原则”（即被保险人可同时获得保险赔偿和第三方赔偿，但总额不得超过实际损失）。
   例外：若保险合同明确约定“被保险人已获第三方赔偿的，保险公司按差额赔付”，则需按合同执行，但此类条款需符合法律规定。

建议：

• 发生交通事故后，被保险人应第一时间通知保险公司，并保留医疗记录、费用单据等证据；
  
• 在与第三方协商赔偿时，明确赔偿范围是否包含人身损害，并避免签署可能影响保险索赔的协议（如“一次性了结”协议）；
  
• 若对保险赔付有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体保险合同条款和案件事实提供专业分析。