结论：和公司老板有不正当关系，从法律层面讲，不应影响工资的正常发放。但实际情况可能因多种因素而有所不同，以下从不同角度进行分析。
法律层面分析
工资发放的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 工资的发放与劳动者是否与老板存在不正当关系无关，这是两个独立的法律关系。老板不能因个人情感因素而拒绝或延迟支付工资。
不正当关系与工资发放的无关性：
- 不正当关系属于个人道德范畴，而工资发放是法律义务。两者在法律上没有直接联系，老板不能以此为由侵犯劳动者的合法权益。
实际情况分析
老板可能的行为：
- 尽管法律上规定工资发放与不正当关系无关，但现实中，老板可能因个人情感因素而采取不正当手段，如拒绝支付工资、降低工资标准等。
- 这种行为是违法的，劳动者有权通过法律途径维护自己的权益。
劳动者的应对措施：
- 如果老板因不正当关系而拒绝支付工资，劳动者应首先与老板进行沟通，明确要求支付工资，并保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等。
- 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼，通过法律手段维护自己的合法权益。
潜在的法律后果：
- 如果老板因不正当关系而拒绝支付工资，不仅可能面临劳动监察部门的处罚，还可能因违反劳动法规定而承担民事赔偿责任。
- 在极端情况下，如果老板的行为构成犯罪（如恶意欠薪罪），还可能面临刑事处罚。
建议与提醒
- 保持专业与独立：无论与老板的关系如何，劳动者都应保持专业与独立，确保自己的工作表现不受个人情感因素影响。
- 了解法律权益：劳动者应了解自己的法律权益，包括工资发放、劳动保护等方面的规定，以便在权益受到侵害时及时采取措施。
- 寻求法律帮助：如果遇到工资发放问题或其他劳动纠纷，劳动者应及时向专业律师咨询，以便获得专业的法律建议和帮助。
总结：和公司老板有不正当关系，从法律层面讲，不应影响工资的正常发放。但现实中可能因老板的个人情感因素而出现工资发放问题。劳动者应了解自己的法律权益，并在权益受到侵害时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。