结论：药店店员付款让扫个人收款码是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若该行为符合药店的收款规定且未违反相关法律法规，则可能是合法的；但若存在逃避税收、侵占公司财产等违法行为，则是不合法的。

分析说明：

1. 合法情形：

   • 药店授权或默许：如果药店明确授权店员使用个人收款码进行收款，或者药店对此行为默许且未提出异议，同时该行为并未违反药店的财务管理制度，那么这种收款方式在药店内部可能是被接受的。但需注意，即使药店内部接受，也需确保该行为不违反国家税收等相关法律法规。
   • 临时性、应急性的收款：在某些特殊情况下，如药店的收款系统出现故障，店员可能临时使用个人收款码进行收款，以确保交易的顺利进行。这种情况下，如果事后能够及时将款项转入药店账户，并妥善处理相关账务，那么这种行为可能是合法的。

2. 不合法情形：

   • 逃避税收：如果店员使用个人收款码收款是为了逃避药店应缴纳的税款，那么这种行为是违法的。根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，纳税人必须按照规定缴纳税款，任何逃避税收的行为都将受到法律的制裁。
   • 侵占公司财产：如果店员将通过个人收款码收到的款项据为己有，未转入药店账户，那么这种行为构成侵占公司财产，是违法的。根据《中华人民共和国刑法》等相关法律法规，侵占公司财产的行为可能构成职务侵占罪等犯罪，将受到刑事处罚。

法律建议：

• 对于药店：应建立健全的财务管理制度，明确收款方式和流程，禁止店员使用个人收款码进行收款（除非有特殊情况且事后能够及时处理账务）。同时，应加强对店员的培训和教育，提高他们的法律意识和合规意识。
• 对于店员：应严格遵守药店的财务管理制度，不得使用个人收款码进行收款（除非得到药店的明确授权或默许，并且事后能够及时处理账务）。如果发现药店存在财务管理漏洞或违法行为，应及时向相关部门报告。

后续行动建议：

• 如果您是药店的经营者或管理者，建议立即审查药店的财务管理制度，确保收款方式的合法性和合规性。
• 如果您是店员，且对使用个人收款码收款的行为存在疑虑或担忧，建议及时向药店的管理层咨询或报告，以避免潜在的法律风险。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。