结论：农业银行还款日第四天凌晨6点还款是否逾期，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同约定还款日次日为宽限期
   根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》及银行业惯例，部分银行会为持卡人提供1-3天的还款宽限期（具体以合同约定为准）。若农业银行与您签订的合同中明确约定还款日后有3天宽限期，且宽限期内还款不视为逾期，则：

   • 还款日第4天凌晨6点还款已超过宽限期，属于逾期行为，可能产生逾期利息、违约金，并影响个人征信记录。
     
   • 例外情形：若合同约定宽限期截止时间为“还款日后第4天0点前”，则凌晨6点还款仍可能被认定为逾期（需以合同具体条款为准）。

2. 若合同未约定宽限期或宽限期短于3天
   若合同中未明确宽限期，或宽限期仅为1-2天，则：

   • 还款日次日0点起即视为逾期，第4天凌晨6点还款必然构成逾期，银行可能按合同约定收取罚息、上报征信系统。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按约定期限返还借款的，应支付逾期利息。

3. 实务建议

   • 立即核实合同条款：登录农业银行APP或联系客服，确认还款宽限期的具体约定（包括天数、截止时间）。
     
   • 保留还款证据：若已还款，需保存转账记录、短信通知等凭证，避免因系统延迟导致争议。
     
   • 逾期补救措施：若已逾期，可尽快全额还款并联系银行说明情况，部分银行可能对首次逾期、非恶意逾期提供征信修复服务。

总结：是否逾期取决于合同约定的宽限期条款。若您无法确定合同内容，建议优先以“无宽限期”处理，即还款日次日0点后还款即视为逾期，避免征信受损。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或还款纠纷处理方案。