在工程合作协议中，承包人承担的法律责任及处理方法主要包括以下几个方面：
一、承包人承担的法律责任
合同履行责任：
- 承包人需按照工程合作协议的约定，全面履行自己的义务，包括但不限于按时开工、按质完成工程、提供符合要求的材料和设备等。若承包人未能履行或未完全履行合同义务，将构成违约，需承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
工程质量责任：
- 承包人对工程质量负有直接责任。若工程存在质量问题，如结构安全、使用功能等不符合约定或国家标准，承包人需负责修复或返工，并承担由此产生的费用。若因质量问题给发包人或第三方造成损失，承包人还需承担赔偿责任。
安全责任：
- 承包人在施工过程中需严格遵守安全生产法规，确保施工安全。若因承包人原因发生安全事故，承包人需承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、接受行政处罚等。同时，承包人还需对事故进行妥善处理，防止事故扩大和再次发生。
环保责任：
- 承包人在施工过程中需遵守环保法规，采取有效措施防止环境污染。若因承包人原因造成环境污染，承包人需承担治理责任，并赔偿由此给发包人或第三方造成的损失。
二、处理方法
协商解决：
- 当发生争议或纠纷时，承包人应首先与发包人进行协商，寻求友好解决方案。通过协商，双方可以就争议事项达成一致意见，避免诉讼或仲裁等法律程序带来的时间和成本消耗。
调解处理：
- 若协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解解决争议。调解具有灵活性和高效性，可以在不破坏双方合作关系的前提下，达成双方都能接受的解决方案。
仲裁或诉讼：
- 若调解仍无法解决争议，双方可以根据工程合作协议的约定，选择仲裁或诉讼方式解决。仲裁具有一裁终局的特点，效率较高；而诉讼则通过法院进行，具有更强的法律效力和执行力。在选择仲裁或诉讼时，承包人需准备充分的证据材料，以支持自己的主张。
风险防范与应对：
- 承包人在签订工程合作协议前，应充分了解协议内容，评估潜在风险，并制定相应的风险防范措施。在施工过程中，承包人应加强管理，确保工程质量、安全和环保等方面符合要求，减少纠纷的发生。同时，承包人还应建立完善的应急预案，以应对可能发生的突发事件。
在实际操作中，承包人还需注意以下几点：
- 仔细审查合同条款：在签订工程合作协议前，承包人应仔细审查合同条款，确保合同内容明确、具体，避免模糊或歧义条款导致的争议。
- 保留证据材料：在施工过程中，承包人应保留好与工程相关的所有证据材料，如施工记录、验收报告、付款凭证等，以备不时之需。
- 及时沟通与反馈：承包人应与发包人保持及时沟通，及时反馈工程进展情况和存在的问题，以便双方共同协商解决。
若你在工程合作协议中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。