自建房占用公共巷道是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 法律背景与规定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地使用权人应当按照土地用途使用土地，不得擅自改变土地用途。公共巷道作为集体土地的一部分，其用途是供村民通行，而非用于个人建房。
   • 同时，《中华人民共和国城乡规划法》也明确规定，在乡、村庄规划区内进行农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。这意味着，即使是在农村地区，建房也需要遵循规划，不得随意占用公共空间。

2. 违法后果：

   • 如果自建房占用了公共巷道，可能会面临被相关部门责令拆除的风险。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
   • 此外，占用公共巷道还可能引发邻里纠纷，影响社会和谐稳定。如果因此造成他人损失，还可能需要承担民事赔偿责任。

3. 法律建议：

   • 对于已经占用公共巷道建房的情况，建议尽快与相关部门沟通，了解具体的处理方式和要求，积极配合整改工作，以避免不必要的法律风险和损失。
   • 对于计划建房的情况，务必在选址前了解清楚土地用途和规划要求，确保建房行为符合法律法规的规定。如果需要占用农用地或改变土地用途，应依法办理相关审批手续。

4. 特殊情况说明：

   • 如果公共巷道原本就存在历史遗留问题，如长期被部分村民占用等，这并不意味着这种占用行为就是合法的。对于历史遗留问题，应通过合法途径进行解决，如向相关部门反映情况、申请调解或提起诉讼等。

综上所述，自建房占用公共巷道是违法的，可能面临被拆除的风险和民事赔偿责任。因此，建议在建房前务必了解清楚土地用途和规划要求，确保建房行为符合法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。