合同上备注手写条款是否有效，主要取决于该条款是否符合法律法规、是否为双方真实意思表示，以及是否与合同其他内容协调一致。同时，合同仅有一份这一事实，并不直接影响手写备注条款的效力，但可能影响合同的保存和证据效力。以下是对这一问题的详细分析：
有效情形
双方明确同意：
- 如果手写备注条款是双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的共识，并且双方都以签字、盖章或其他明确方式表示了同意，那么该手写备注条款就是有效的。例如，在一份买卖合同中，买方手写备注要求卖方提供额外的售后服务，卖方签字确认，此时该备注条款即成为合同的一部分，具有法律效力。
符合合同生效的一般要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为需满足行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规强制性规定且不违背公序良俗等条件。手写备注条款同样需要满足这些条件才能被视为有效。例如，在一份租赁合同中，双方均为完全民事行为能力人，且手写备注条款如“租赁期间，承租人需负责房屋的日常维护”为双方真实意愿表达，且不违反法律，则该条款有效。
与合同主条款不冲突：
- 手写备注条款作为对主合同条款的补充、解释或变更，应与主条款相协调，不产生矛盾。如果手写备注条款与主合同条款在内容上相互补充或明确，且没有违反法律法规或公序良俗，那么该备注条款就是有效的。例如，在一份运输合同中，主合同约定了运输方式和时间，手写备注进一步明确了运输过程中的保险责任，此备注有效。
无效情形
违反法律法规强制性规定：
- 如果手写备注条款的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该条款就是无效的。例如，在一份劳动合同中，手写备注试图规避法定的工作时间、休息休假或劳动报酬等规定，该备注条款无效。
违背公序良俗：
- 如果手写备注条款的内容违背了社会公共秩序和善良风俗，那么该条款也是无效的。例如，在一份租赁合同中，手写备注“房屋仅用于非法活动”，明显违背公序良俗，故无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果手写备注条款是因一方欺诈、胁迫而使对方违背真实意思订立的，那么受欺诈、胁迫方有权请求法院或仲裁机构撤销该条款。撤销后，该手写备注条款自始无效。例如，甲以威胁乙家人安全的方式迫使其接受不合理的手写备注条款，乙可在知道或应知撤销事由之日起一年内请求法院撤销。
注意事项
- 合同份数与保存：虽然合同仅有一份并不直接影响手写备注条款的效力，但为了确保合同的完整性和证据效力，建议双方各执一份合同副本。如果合同确实只有一份，应妥善保存，并可以考虑通过拍照、复印等方式留存备份。
- 手写条款的清晰性：手写备注条款应清晰可辨，避免被篡改或引发误解。如果手写内容模糊或存在争议，可能影响其法律效力。
- 书面形式与签字盖章：为了确保手写备注条款的明确性和合法性，建议采用书面形式，并由双方签字盖章确认。这有助于减少纠纷和争议的发生。
总结与建议：在签订合同时，双方应仔细审查包括手写备注条款在内的所有合同内容，确保其真实、合法、有效，并与合同其他部分相一致。如果对手写备注条款的效力存在疑问或争议，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。