确权的农村自建房，在符合相关法律法规和规定的情况下，是合法建筑。以下从多个角度进行详细分析：

一、确权的意义与合法性基础

确权，即确定权利归属，对于农村自建房而言，确权意味着该房屋的所有权、使用权等权利得到了法律的认可和保护。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村宅基地使用权及地上房屋所有权，经依法登记后，受法律保护。因此，经过确权的农村自建房，其合法性得到了法律的确认。

二、确权的前提条件

1. 符合规划：农村自建房必须符合当地土地利用总体规划和村庄规划，不得在禁止建设的区域或违反规划要求进行建设。
2. 合法审批：自建房的建设必须经过相关部门的审批，包括宅基地的申请、建设规划许可等。未经审批或违反审批要求建设的房屋，即使确权也可能面临合法性挑战。
3. 权属清晰：确权前，必须确保房屋的权属清晰，不存在权属纠纷或争议。

三、确权后的法律效应

1. 产权保护：确权后的农村自建房，其所有权和使用权受到法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
2. 交易便利：确权后的房屋可以依法进行买卖、赠与、继承等交易行为，为房屋所有者提供了更多的财产处置方式。
3. 抵押融资：确权后的房屋还可以作为抵押物进行融资，为房屋所有者提供资金支持。

四、特殊情况下的合法性判断

1. 历史遗留问题：对于一些历史遗留的农村自建房，虽然可能未经过严格的审批程序，但如果符合当地政策规定和实际情况，且未侵犯他人权益，经过相关部门认定后，也可以进行确权并认定为合法建筑。
2. 违规建设处理：对于违规建设的农村自建房，如未经审批擅自建设、超面积建设等，即使进行了确权，也可能面临被拆除或罚款等处罚。因此，在确权前，必须确保房屋的建设符合相关法律法规和规定。

五、建议与注意事项

1. 及时确权：对于符合确权条件的农村自建房，建议及时办理确权手续，以保障自己的合法权益。
2. 遵守规定：在建设农村自建房时，必须严格遵守相关法律法规和规定，确保房屋的建设合法合规。
3. 咨询专业：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。

总结来说，确权的农村自建房在符合相关法律法规和规定的情况下是合法建筑。但为了确保自己的权益得到充分保障，建议在建设前和确权过程中咨询专业律师或相关部门，确保每一步都合法合规。