民事调解完毕且款项已支付后，案件仍有可能转为刑事案件，但需满足特定条件。以下从不同角度进行分析：
案件性质与调解的法律效果
- 民事调解主要解决的是民事纠纷，其本质是双方自愿达成协议，以解决争议。然而，如果案件本身涉及刑事犯罪，如诈骗、故意伤害等，民事调解并不能改变案件的刑事性质。
- 例如，在诈骗案件中，即使受害人与犯罪嫌疑人达成了民事赔偿协议，且款项已支付，这并不影响诈骗犯罪的成立和刑事追诉的进行。因为诈骗犯罪侵犯的是公私财产所有权，同时触犯了刑法，需要受到刑事处罚。
刑事案件的立案条件
- 刑事案件的立案通常基于犯罪事实的存在和证据的充分性。如果民事调解后，发现案件涉及刑事犯罪，且证据充分，公安机关或检察机关仍可依法立案侦查或提起公诉。
- 例如，在故意伤害案件中，如果调解后发现伤害行为构成犯罪，且证据确凿，那么案件仍可能转为刑事案件，由公安机关立案侦查，检察机关提起公诉。
调解对刑事案件处理的影响
- 民事调解虽然不能直接阻止刑事案件的立案和追诉，但可以作为量刑时的考虑因素。如果犯罪嫌疑人在民事调解中积极赔偿，表现出真诚悔罪的态度，这可能在刑事审判中被视为从轻或减轻处罚的情节。
- 然而，这并不意味着民事调解可以替代刑事处罚。对于构成犯罪的行为，仍然需要依法追究刑事责任。
特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如犯罪情节轻微、社会危害性不大，且犯罪嫌疑人已积极赔偿并取得被害人谅解的，检察机关可能根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，作出不起诉决定。但这并不意味着案件完全转为民事案件，而是刑事案件的一种特殊处理方式。
- 另外，如果民事调解协议中存在欺诈、胁迫等情形，导致调解协议无效或可撤销，且案件涉及刑事犯罪的，那么案件仍可能转为刑事案件进行追诉。
建议：
- 如果您或他人涉及类似情况，建议立即咨询专业律师（即向我咨询），以了解具体案件情况和法律程序。
- 在民事调解过程中，应确保调解协议的合法性和有效性，避免存在欺诈、胁迫等情形。
- 如果发现案件可能涉及刑事犯罪，应积极配合公安机关或检察机关的调查和侦查工作，以维护自身合法权益。