针对九十年代个人出资以村委会名义成立企业的资产处理问题，需结合历史背景、出资性质、企业性质及现行法律综合判断，具体处理方式如下：

1. 确认出资性质与权属

   • 显名出资：若个人出资时已通过书面协议（如合作合同、出资证明等）明确约定资产归属个人，且村委会仅作为名义主体，则资产原则上应归个人所有。需重点核查：
     
     • 出资时是否有村委会盖章的书面文件；
       
     • 村委会是否实际参与经营或分配利润；
       
     • 是否存在第三方（如政府、其他村民）对资产权属的异议。
       
   • 隐名出资：若出资未公开，仅以村委会名义登记，但实际由个人控制经营，需通过诉讼确认实际出资人身份。根据《公司法司法解释（三）》第24条，隐名股东需经其他股东半数以上同意方可显名化，但此类企业若为非公司制（如集体企业），则适用《民法典》关于代理或合伙的规定。

2. 企业性质影响处理路径

   • 集体所有制企业：若企业登记为集体所有制（如村办企业），即使个人出资，资产可能被认定为集体财产。需核查：
     
     • 企业章程是否明确集体所有性质；
       
     • 出资是否被计入集体资产账目；
       
     • 当地政策对历史遗留村办企业的处理规定（如部分地区允许通过补偿方式退还个人出资）。
       
   • 挂靠集体企业：若企业实际为个人经营，仅挂靠村委会名义，可主张解除挂靠关系并返还资产。需提供经营记录、财务独立证明等材料。

3. 历史政策与诉讼时效

   • 政策依据：九十年代部分地区允许“戴红帽子”企业（即个人挂靠集体），后续政策可能要求清理。需检索当地1990-2000年间关于集体企业改革的文件，部分政策可能支持返还个人资产。
     
   • 诉讼时效：若涉及侵权或合同纠纷，诉讼时效为3年，但若出资行为持续至今（如持续分红），时效可能中断。需结合具体行为时间点判断。

4. 处理建议

   • 协商优先：与村委会协商，明确资产归属并签订书面协议，避免诉讼成本。
     
   • 行政途径：向当地农业农村局或乡镇政府申请确权，部分地区设有历史遗留问题处理专班。
     
   • 司法途径：若协商无果，可提起“确认合同效力纠纷”或“物权确认纠纷”诉讼，需准备出资凭证、经营证据等材料。

风险提示：若企业已改制为有限责任公司或股份公司，且个人未显名化，可能面临股权无法确认的风险；若资产已被村委会处置（如转让、抵押），需评估第三方善意取得情况。建议根据具体证据类型（如书面协议、财务记录）选择最优处理方案。