结论：醉驾案件若检察院决定起诉并最终经法院判决有罪，会留下案底；若检察院决定不起诉，则通常不会留下犯罪记录（即案底），但可能会有其他法律后果，如行政处罚记录。以下是对这一问题的详细分析：
一、检察院起诉与案底的关系
起诉与审判程序：
- 当检察院决定对醉驾案件提起公诉时，案件将进入法院的审判程序。
- 如果法院最终判决被告人有罪，那么该判决将记录在个人档案中，形成犯罪记录，即我们通常所说的“案底”。
案底的影响：
- 犯罪记录会对个人的生活和工作产生广泛影响，如影响就业、申请贷款、出国签证等。
- 在某些特定职业中，如公务员、律师、教师等，有犯罪记录的人可能会受到职业限制或禁止。
二、检察院不起诉与案底的关系
不起诉的类型：
- 法定不起诉：根据《刑事诉讼法》第十六条，对于情节显著轻微、危害不大等六种情形，不追究刑事责任。若醉驾案件符合这些条件，检察院将作出不起诉决定，意味着行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，自然不会留下犯罪案底。
- 酌定不起诉：依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微且不需要判处刑罚的案件，检察院可以酌定不起诉。在醉驾案件中，若犯罪情节轻微（如酒精含量略高于标准、未发生事故且认罪认罚），检察院可能作出此决定，同样不会留下犯罪案底。
- 证据不足不起诉：按照《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，若案件经过二次补充侦查后证据仍然不足，检察院应作出不起诉决定。醉驾案件若因证据问题被不起诉，同样因为没有经过法院判决有罪，不会留下犯罪案底。
不起诉后的法律后果：
- 虽然检察院不起诉不会留下犯罪案底，但醉驾行为本身违反了《道路交通安全法》，因此可能会面临行政处罚，如罚款、吊销机动车驾驶证等。
- 这些行政处罚记录会在公安机关留存，并在某些情况下（如申请驾照、求职等）被查询和考虑。
三、特殊情况与注意事项
不起诉决定后的复议与申诉：
- 如果检察院作出不起诉决定，被害人或其法定代理人、近亲属可以向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。
- 检察院在审查申诉后，如果认为不起诉决定有误，可以撤销原不起诉决定，提起公诉。
行政处罚与犯罪记录的区分：
- 行政处罚记录并不等同于犯罪记录。行政处罚是针对违反行政法规的行为作出的处罚，而犯罪记录是针对违反刑法的行为作出的判决记录。
- 因此，即使面临行政处罚，也不意味着会留下犯罪记录。
四、建议与总结
严格遵守交通法规：
- 醉驾是极其危险且违法的行为，严重威胁道路交通安全和他人的生命财产安全。
- 强烈建议驾驶员严格遵守交通法规，坚决杜绝醉酒驾驶行为的发生。
了解法律后果：
- 在面临法律问题时，应充分了解相关法律后果和可能的处罚措施。
- 如果有任何疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，醉驾案件若检察院决定起诉并最终经法院判决有罪，会留下案底；若检察院决定不起诉，则通常不会留下犯罪记录，但可能会面临行政处罚等其他法律后果。因此，驾驶员应严格遵守交通法规，避免醉驾行为的发生。