非法转让集体土地使用权超两年后，行政机关仍可依法进行罚款等行政处罚，不存在超过两年就不再处罚的情况。以下从多个角度为你详细分析：

从行政处罚的追责时效角度

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”

对于非法转让集体土地使用权这一违法行为，如果该行为处于连续或者继续状态，比如持续进行土地转让交易、持续收取转让款项等，那么追责时效是从行为终了之日起计算，并非从最初非法转让行为发生之日起算。所以，即使超过两年，只要在追责时效内被发现，行政机关依然可以依法作出罚款等行政处罚。

从土地管理相关法律角度

我国对土地实行严格的管理制度，集体土地使用权受到法律的严格保护和规范。《中华人民共和国土地管理法》明确规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地，土地使用权可以依法转让，但必须符合法定条件和程序。对于非法转让集体土地使用权的行为，土地管理部门有权进行查处，包括责令限期改正、没收违法所得，并可处以罚款等。这种处罚规定是基于维护土地管理秩序、保护土地资源的公共利益需求，不会因为超过两年就免除违法者的法律责任。

实际案例参考

在司法实践中，有不少非法转让集体土地使用权超过两年后仍被处罚的案例。例如，某企业在几年前非法将一块集体土地的使用权转让给其他单位用于建设，当地土地管理部门在多年后发现了这一违法行为，经过调查取证后，依然对该企业作出了罚款、没收违法所得等行政处罚决定。该企业不服提起行政诉讼，法院最终也支持了土地管理部门的处罚决定，认为只要在追责时效内，行政机关就有权对违法行为进行查处。

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