在处理还款协议盖章的问题时，我们首先要明确的是，还款协议上加盖的印章类型及其效力，需结合实际情况及相关证据来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同章的性质与效力
合同章是单位在对外签订合同时所使用的印章，它具有确认合同等法律文书效力的作用。当还款协议上加盖了合同章，且该章的加盖是经过单位授权、代表单位真实意思表示时，该还款协议通常会被认定为有效。这是因为合同章的加盖意味着单位对该协议内容的认可，并愿意受其约束。
二、确定还款协议有效性的其他关键因素
除了合同章的加盖外，我们还需要考虑以下因素来确定还款协议的有效性：
签字：还款协议上应有欠款方或其授权代表的签字，且签字需真实有效。签字是确认协议双方身份和意愿的重要方式。
转账记录或支付凭证：如果有相应的转账记录或支付凭证，能够证明欠款事实的存在，这将进一步增强还款协议的有效性。
其他辅助证据：如邮件往来、聊天记录等，这些证据能够佐证还款协议的真实性和有效性，特别是在双方对协议内容存在争议时。
三、可能使还款协议无效的情形
在以下情况下，还款协议可能被视为无效：
合同章系伪造：如果合同章被他人伪造并加盖在还款协议上，该协议对单位不发生效力。单位需要通过鉴定等方式来证明合同章的伪造性。
无代表权或代理权：加盖合同章的人如果没有得到单位的授权，擅自加盖合同章，且相对人知道或应当知道其没有授权的，该还款协议可能对单位不发生效力。但需注意，如果构成表见代理，即相对人有理由相信行为人有代理权的，单位仍可能需要承担责任。
盖章主体不一致：如果盖章的单位并非欠款主体，或者只是使用了财务章、部门章等非合同专用章，那么还款协议可能被认定为无效。
违反法律法规强制性规定：还款协议的内容如果违反了法律法规的强制性规定，如约定的利息超过了法律规定的上限，那么超过部分无效；如果整个协议都违反了强制性规定，如以合法形式掩盖非法目的，则该协议可能会被认定为无效。
四、总结与建议
在处理还款协议时，我们应仔细审查合同章的合法性、真实性以及盖章主体的身份和权限。同时，结合其他证据如签字、转账记录等，来综合判断还款协议的有效性。为避免未来可能出现的纠纷，我建议在签订还款协议前，明确双方的权利义务，确保协议的合法性和有效性。如果遇到复杂情况或不确定如何处理时，建议咨询专业律师进行法律分析和风险评估。