当法院在审理民间借贷纠纷案件时，发现其中可能涉及非法经营罪，这一问题的处理需要从法律界定、法律责任认定以及应对措施三个核心方面进行深入分析。

一、法律界定

1. 非法经营罪的构成要件： 根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条，非法经营罪是指违反国家规定，实施扰乱市场秩序的行为，且情节严重的情形。在民间借贷的语境下，如果出借人未经批准擅自从事金融业务活动，如吸收公众存款、发放贷款等，并且这些行为达到了刑事立案的标准，那么就可能构成非法经营罪。

2. 民间借贷与非法经营的界限：

   • 合法借贷：这通常指的是基于真实意思表示的偶发性资金拆借行为，其利率不超过合同成立时一年期LPR的四倍（现行标准约为15.4%），并且不涉及职业放贷或变相吸收公众存款。
   • 非法经营：这则是以营利为目的，经常性地向社会不特定对象发放贷款，或者通过虚假宣传诱导借款，形成规模化经营模式。例如，未取得金融牌照却长期通过线上平台向多人提供高息贷款，就可能构成非法经营。

二、法律责任认定

1. 刑事责任：

   • 定罪依据：要构成非法经营罪，必须同时满足“未经许可+扰乱市场秩序+情节严重”这三个要件。例如，个人实施非法放贷数额累计超过200万元，或违法所得超过80万元，就达到了刑事立案的标准。
   • 量刑标准：根据情节的严重程度，可能处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，则可能处五年以上有期徒刑并处罚金。

2. 行政责任： 对于那些未达到刑事立案标准的违规行为，相关监管机构，如银保监会等，会依据《防范和处置非法集资条例》第三十条，对违规者处以违法所得1-3倍的罚款；如果无违法所得，则可能处10万元以上50万元以下的罚款。

3. 民事责任： 在民间借贷纠纷中，如果借款合同被认定为无效，那么借款人仅需返还本金及按银行同期贷款利率计算的利息。出借人则无权主张超出法定上限的利息收益。

三、应对措施

1. 对出借人的建议：

   • 合规审查：在出借资金前，务必核查对方是否具备金融业务资质，避免参与未经备案的P2P平台交易。
   • 证据留存：完整保存转账记录、聊天记录等证据链，特别是关于利息约定、还款期限的关键条款，以备不时之需。
   • 及时报案：如果发现涉嫌非法集资的线索，应立即向公安机关经侦部门提交书面材料，以便及时启动调查程序。

2. 对监管机构的执法指引：

   • 穿透式监管：重点排查“套路贷”、“砍头息”等变相高利贷模式，关注资金流向异常账户，以揭示潜在的非法经营行为。
   • 行刑衔接：对于涉案金额巨大、受害人数众多的案件，应同步启动行政调查与刑事侦查程序，确保案件得到妥善处理。
   • 风险预警：建立民间融资监测体系，定期发布典型案例警示社会公众，提高公众对非法经营行为的识别能力和防范意识。

3. 对司法实践的参考： 法院在审理此类案件时，应严格区分民事纠纷与刑事犯罪。如果出借人仅偶尔向亲友出借钱款并收取合理利息，那么这不构成犯罪；但如果出借人以放贷为业，通过暴力催收等手段获取暴利，那么就应以非法经营罪论处。

综上所述，当法院在审理民间借贷纠纷案件时发现非法经营罪的线索时，应依据相关法律法规进行严格界定和认定，并采取相应的应对措施以确保案件的公正处理和社会秩序的稳定。