结论：公司是否可以不认员工领取的对方工程款现金未上交，这取决于多个因素，包括员工的行为性质、公司的规章制度以及相关证据等。以下从不同角度进行分析：

1. 员工行为性质：

   • 如果员工领取工程款现金是出于职务行为，即按照公司授权或指示进行，但未按照公司规定上交，这可能构成职务侵占或挪用资金的行为（具体取决于款项性质和公司规定）。在此情况下，公司有权要求员工上交款项，并可能根据内部规章制度或法律法规追究员工的责任。
   • 如果员工领取工程款现金并非出于职务行为，而是个人行为，比如私自与对方达成协议领取款项，这可能构成盗窃、诈骗或其他违法行为。公司同样有权不认可该行为，并可以报警处理，同时追究员工的法律责任。

2. 公司规章制度：

   • 公司应制定明确的规章制度，规定员工在处理公司资金时的职责和权限。如果规章制度中明确规定了员工不得私自领取或处理工程款现金，且员工违反了这一规定，公司有权不认可员工的行为，并依据规章制度进行处理。
   • 如果公司规章制度不完善或未明确规定相关事项，公司可能需要依据相关法律法规和行业惯例来判断员工的行为是否合法合规，并据此决定是否认可。

3. 相关证据：

   • 公司要证明员工领取了工程款现金且未上交，需要收集相关证据，如对方付款的凭证、员工领取款项的签字记录、公司财务记录等。如果证据充分，公司可以更有力地主张自己的权益。
   • 如果公司无法提供充分证据证明员工领取了款项且未上交，或者证据存在瑕疵，公司可能难以直接不认可员工的行为，而需要通过其他途径（如协商、调解、仲裁或诉讼）来解决争议。

法律建议：

• 公司应尽快完善内部规章制度，明确员工在处理公司资金时的职责和权限，以及违反规定的处理措施。
• 公司应加强财务管理和监督，确保工程款等资金的收支都有明确的记录和审批流程。
• 如果发现员工有领取工程款现金未上交的行为，公司应立即收集相关证据，并依据内部规章制度和法律法规进行处理。如果无法自行解决争议，可以考虑通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。

可能的法律后果：

• 如果员工的行为构成职务侵占、挪用资金、盗窃或诈骗等违法行为，员工可能面临刑事责任追究，同时公司也有权要求员工赔偿损失。
• 如果公司无法证明员工的行为违法或违规，或者证据不足，公司可能难以直接追究员工的责任，而需要通过其他途径来解决争议。在此情况下，公司可能需要承担一定的经济损失和声誉风险。