当公司员工没有按照公司规章制度工作时，公司可以依据相关法律法规和公司规章制度采取相应措施，但具体违反的法律条款需结合规章制度的内容和违规行为的性质来判断。以下从几个方面详细分析：
一、公司规章制度合法性的前提
规章制度制定程序合法：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，规章制度必须经过民主程序制定，内容合法且已向员工进行公示或告知，才能作为处理员工的依据。
规章制度内容合法：规章制度的内容不得违反国家法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。例如，规章制度中不能包含侵犯员工人身权、财产权等合法权益的条款。
二、员工违规行为的法律性质
轻微违规：如果员工未按照公司规章制度工作，但违规行为情节较轻，未对公司造成实质性损害，公司可以采取口头警告、书面警告等教育措施，提醒员工遵守规章制度。这些措施本身不直接涉及法律条款的违反，但有助于维护公司秩序和员工纪律。
严重违规：如果员工违规行为情节严重，对公司造成了实质性损害，或者违反了国家法律法规的强制性规定，公司可以依据规章制度采取更严厉的措施，如扣除绩效奖金、调整工作岗位、解除劳动关系等。这些措施可能涉及《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律条款的适用。
扣除绩效奖金：如果规章制度中明确规定了扣除绩效奖金的情形和标准，且该规定合法有效，公司可以按照规章制度扣除员工的绩效奖金。
调整工作岗位：如果员工违规行为与岗位职责不符或影响工作，公司可以依据规章制度调整员工的工作岗位。但调整工作岗位需合理且合法，不能侵犯员工的合法权益。
解除劳动关系：如果员工严重违反公司规章制度，且符合《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害等），公司可以解除与员工的劳动关系，且无需支付经济补偿金。
三、公司处理员工违规行为的注意事项
确保规章制度合法有效：公司在处理员工违规行为前，必须确保规章制度已经过民主程序制定，内容合法且已向员工进行公示或告知。否则，规章制度可能被视为无效，公司无法依据其处理员工。
遵循法定程序：公司在处理员工违规行为时，必须遵循法定程序。例如，在解除劳动关系前，公司需履行通知和审批程序，确保处理过程的合法性和公正性。
尊重员工权益：公司在处理员工违规行为时，应尊重员工的合法权益。例如，在调整工作岗位或扣除绩效奖金时，需确保处理措施合理且合法，避免侵犯员工的合法权益。
四、具体案例与法律分析
假设某公司规章制度中明确规定：“员工在工作时间不得浏览与工作无关的网站，否则将给予书面警告并扣除当月全勤奖。”如果某员工在工作时间多次浏览与工作无关的网站，公司可以依据规章制度给予该员工书面警告并扣除当月全勤奖。这一处理措施既符合规章制度的约定，也未违反国家法律法规的强制性规定。
总结来说，当公司员工没有按照公司规章制度工作时，公司应首先确认规章制度的合法性和有效性，然后根据违规行为的性质和情节轻重采取相应的处理措施。在处理过程中，公司需遵循法定程序并尊重员工的合法权益。如果你或你所在的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。