关于您提出的“农村宅基地有1000平米是否合法，以及面积超标通常会怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：
一、宅基地1000平方米是否合法
宅基地的合法性并非单纯由面积大小决定，而是需要综合考虑两个关键因素：
是否符合当地规定的宅基地面积标准：
- 我国地域辽阔，不同地区的宅基地面积标准存在显著差异。这主要受到地方政策、土地类型、规划限制等多种因素的影响。
- 在一些人少地多的地区，如西部地广人稀的区域，宅基地面积标准可能相对宽松。如果当地规定的宅基地面积上限超过1000平方米，那么在此范围内的宅基地就是合法的。
- 然而，在大部分人口密集地区，如东部沿海城市，宅基地面积标准通常较低，可能在120-200平方米左右。在这些地区，宅基地面积达到1000平方米显然超出了当地规定的标准。
是否经过了合法的审批程序：
- 无论宅基地面积大小，都必须经过合法的申请和审批程序，获得相关的宅基地使用权证书或乡村建设规划许可证等文件。
- 如果宅基地未经任何合法审批手续，即使面积符合当地标准，也是不合法的。
二、面积超标通常会怎么处理
如果宅基地面积超出了当地规定的标准，或者未经合法审批程序，那么可能会面临以下处理措施：
限期拆除或恢复土地原状：
- 对于未经合法审批或超出面积标准的宅基地，相关部门可能会要求限期拆除超建部分或恢复土地原状，以确保土地资源的合理利用和规划秩序。
缴纳罚款或土地使用费：
- 在某些情况下，如果宅基地使用者能够积极配合整改，并符合相关条件，相关部门可能会考虑对其征收一定的罚款或土地使用费，以作为对超面积使用的补偿。
调整宅基地或收回土地使用权：
- 对于严重超面积或未经审批的宅基地，相关部门可能会考虑调整宅基地位置或收回土地使用权，以确保土地资源的公平分配和合理利用。
三、建议与措施
为了确保宅基地的合法性和避免不必要的麻烦，我建议您采取以下措施：
查询当地法规：
- 首先，您需要查询所在地的相关法律法规及政策文件，了解具体的宅基地面积标准和审批流程。这有助于您明确自己的宅基地是否符合当地规定。
咨询土地管理部门：
- 如果您对当地法规不熟悉或有疑问，可以前往当地土地管理部门进行咨询。他们可以提供最准确、最权威的信息，并帮助您解决相关问题。
及时办理审批手续：
- 如果您的宅基地尚未经过合法审批，或者需要调整宅基地位置或面积，应尽快按照相关规定办理审批手续。这有助于确保您的宅基地使用合法合规，并避免后续的法律风险。
综上所述，宅基地1000平方米是否合法需结合当地的具体法律法规和审批情况来判断。如果面积超标或未经合法审批，可能会面临限期拆除、缴纳罚款或调整宅基地等处理措施。因此，我建议您及时了解并遵守相关规定，以确保自身权益不受损害。