若银行还贷款时账户内资金不足且逾期两天，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若贷款合同明确约定“还款日当天账户余额不足即构成违约”
   银行可能按合同约定收取逾期罚息（通常为正常利率的1.3-1.5倍），并可能将逾期记录上报央行征信系统，影响个人信用。此时需立即补足欠款，并主动联系银行说明情况（如因系统扣款延迟、临时资金周转问题等），争取免除罚息或避免征信受损。若银行已上报征信，可要求银行出具“非恶意逾期证明”，后续申请贷款时可作为补救材料。

2. 若合同未明确约定“当天余额不足即违约”，但约定“宽限期后未还款构成违约”
   需确认银行是否提供还款宽限期（通常为1-3天）。若逾期两天仍在宽限期内，银行可能不会收取罚息或上报征信，但需尽快补足欠款；若已超过宽限期，则按第一种情况处理，需承担罚息及征信风险。

3. 若因银行系统故障导致扣款失败
   需保留银行系统故障的证据（如扣款失败通知、银行流水等），立即联系银行说明情况，要求银行免除罚息并修正征信记录。若银行拒绝，可向当地银保监会投诉或通过法律途径主张权利。

操作建议：

• 立即通过手机银行、网银或柜台补足欠款，避免逾期时间延长；
  
• 主动联系银行客服，确认逾期是否已产生罚息或上报征信，并说明非主观恶意逾期；
  
• 后续设置“自动还款+余额提醒”双重保障，避免再次出现类似情况。
  

法律依据：
根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按约定期限返还借款的，应按约定或国家规定支付逾期利息；《征信业管理条例》第十六条，征信机构对个人不良信息的保存期限为5年，自不良行为终止之日起计算，但银行有义务在收到异议后20日内核查并处理。

如有其他细节需要进一步分析（如合同条款、银行具体处理方式等），可直接向我咨询。