关于无证经营中没收违法所得的计算方式，这通常取决于具体的违法所得数额以及相关法律法规的规定，但一般而言，违法所得会被全额没收。以下从多个角度为你详细分析：
一、违法所得的计算原则
在无证经营的情况下，违法所得通常指的是因无证经营行为而获得的全部收入，扣除直接用于经营活动的合理支出后的余额。不过，在实际操作中，为了简化计算和确保执法效率，很多时候会直接将无证经营期间的全部收入视为违法所得进行没收，除非经营者能够提供充分证据证明某些支出是直接且必要的经营活动支出。
二、相关法律法规依据
《无证无照经营查处办法》：该办法明确规定了对于无证无照经营行为，由查处部门依法没收违法所得。虽然办法本身没有详细规定违法所得的具体计算方法，但为没收违法所得提供了法律依据。
其他相关法律法规：如《中华人民共和国行政处罚法》等，也规定了对于违法行为，行政机关有权没收违法所得。这些法律法规共同构成了没收违法所得的法律基础。
三、没收违法所得的具体操作
调查取证：在查处无证经营行为时，执法部门会首先进行调查取证，包括收集经营者的销售记录、财务账目等证据，以确定违法所得的数额。
计算违法所得：根据收集到的证据，执法部门会计算违法所得的数额。如前所述，这通常包括全部收入减去直接用于经营活动的合理支出（如果能够证明的话）。但在实际操作中，很多情况下会直接将全部收入视为违法所得。
作出处罚决定：在计算完违法所得后，执法部门会依法作出处罚决定，包括没收违法所得、罚款等。
四、特殊情况下的处理
无法确定违法所得数额：如果经营者无法提供充分的证据证明其违法所得数额，或者执法部门无法通过调查取证确定违法所得数额，那么执法部门可能会根据经营者的经营规模、经营时间、商品或服务的价格等因素进行估算，并据此作出处罚决定。
违法所得用于其他非法活动：如果经营者将违法所得用于其他非法活动，如洗钱、贿赂等，那么这些违法所得不仅会被没收，还可能面临更严重的法律后果。
五、法律建议
合规经营：为了避免因无证经营而被没收违法所得，建议经营者在开展经营活动前，务必办理好相关的证照和手续，确保合法合规经营。
保留证据：如果经营者已经因无证经营而被查处，并面临没收违法所得的处罚，那么建议经营者积极配合执法部门的调查取证工作，并尽可能保留好相关的证据和资料，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：如果经营者对没收违法所得的处罚决定有异议，或者认为自己的合法权益受到了侵害，那么建议及时寻求专业的法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
如果你有无证经营或其他刑事案件相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。