施工单位一般不可以直接通过合同约定自行办理林地侵占用手续，但可以约定由施工单位配合办理或由建设单位办理后提供给施工单位使用。以下从不同角度进行分析：

1. 手续办理的法定主体
   根据《中华人民共和国森林法》及其实施条例，占用、征用林地的审批主体是县级以上人民政府林业主管部门，且需建设单位（项目业主）作为申请主体提交材料。施工单位作为工程承包方，并非法律规定的直接申请主体，因此合同中直接约定由施工单位“办理”手续可能因主体不适格而无效。

2. 合同约定的合理范围
   虽然施工单位不能直接办理审批，但合同可约定以下内容以保障工程合法性：

   • 配合义务：施工单位需按建设单位要求提供办理手续所需的工程资料（如施工范围、工期等），并配合现场勘验；
     
   • 费用承担：约定手续办理产生的费用（如植被恢复费、森林植被恢复费）由哪方承担；
     
   • 违约责任：若因施工单位原因导致手续延误或未获批，需承担工期违约或赔偿损失的责任。

3. 实务中的常见操作
   在工程实践中，通常由建设单位作为申请主体完成林地占用审批后，将审批文件（如《使用林地审核同意书》）提供给施工单位，施工单位据此合法施工。若合同约定由施工单位“负责办理”，需明确其实际是代建设单位履行申请程序，且需建设单位出具授权委托书等文件，否则可能因越权导致合同条款无效。

4. 风险提示
   若合同未明确手续办理主体及责任，可能引发以下风险：

   • 施工单位未经审批擅自施工，可能被林业主管部门处罚（如罚款、责令恢复原状）；
     
   • 建设单位未履行审批义务，导致工程被叫停，施工单位可依据合同主张工期索赔或解除合同。

建议：在合同中明确约定“由建设单位负责办理林地占用审批手续，施工单位提供必要配合”，并细化双方权责，以避免纠纷。如有具体合同条款需审查或纠纷需处理，可直接向我咨询。