土地转让协议在村委会违规的情况下，其效力需根据具体情况综合判断，不能一概而论有效或无效。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、有效情形
符合法定程序和民主议定，但村委会盖章行为存在瑕疵：
- 若土地转让行为本身符合《中华人民共和国土地管理法》及相关法规的规定，特别是农村集体建设用地的流转程序，且已经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，但村委会在盖章过程中存在违规行为（如未按规定程序盖章、盖章人员无权代表村委会等），这并不必然导致合同无效。关键在于转让行为本身是否合法合规，以及是否得到了村民的广泛认可。
事后获得追认或补正：
- 如果合同签订时村委会的盖章行为存在违规，但事后得到了村民会议三分之二以上成员或代表的追认，或者通过其他方式补正了违规行为（如重新履行民主议定程序、获得合法授权等），合同仍有可能被视为有效。
二、无效情形
违反民主议定程序：
- 土地转让行为若未经过村民会议或村民代表会议的民主议定程序，村委会擅自盖章签订转让合同，将因违反法律强制性规定而被认定为无效。这是保护村民集体利益的重要法律原则。
未经法定程序或未报政府批准：
- 除了民主议定程序外，某些土地转让行为还需报乡（镇）人民政府批准。若未履行此程序，即使经过了村民或村民代表的同意，合同同样可能因程序瑕疵而被认定为无效。
损害集体利益或违反土地用途管制：
- 若村委会在转让土地过程中存在恶意串通、低价发包等损害集体利益的行为，或者将农用地擅自改为建设用地等非法用途，所签合同将被视为无效。这是维护土地资源合理利用和保护村民集体权益的必要措施。
村委会无权处分：
- 如果村委会对转让的土地没有处分权（如土地属于其他村民或集体所有，村委会未经授权擅自转让），却擅自在合同上盖章进行转让，该合同也将因无权处分而被认定为无效。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 合同一旦被认定为无效，即自始没有法律约束力。双方需返还因合同取得的财产，不能返还的应折价补偿。有过错方还需赔偿对方因此遭受的损失。
建议：
- 在签订土地转让协议前，务必确保所有法定程序和要求的履行，包括民主议定程序、政府批准程序等。
- 对村委会的盖章行为进行仔细审查，确保盖章人员有权代表村委会，且盖章程序符合规定。
- 如对村委会的盖章行为或土地转让协议的效力存在疑虑，应及时咨询专业律师（即我本人）的意见，以确保合同的合法性和有效性。
总结来说，土地转让协议在村委会违规的情况下，其效力并非绝对无效，而是需根据具体情况综合判断。因此，在签订此类协议时，务必谨慎行事，确保所有程序合法合规，以维护自身权益和避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。