结论是：装修工程存在问题，即使已经超过三年，在某些情况下仍然可以起诉，但具体能否起诉以及诉讼时效的计算需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，在一般情况下，如果装修工程存在问题，你应在发现问题之日起三年内提起诉讼。
二、超过三年是否还能起诉的特殊情况
诉讼时效中断：
- 如果在三年内，你曾向装修公司主张过权利（如通过书面通知、电话沟通、邮件等方式），或者装修公司曾承诺解决问题，那么诉讼时效可能会中断，并从中断时起重新计算三年。
- 例如，你在装修完成后第二年发现了问题，并立即向装修公司提出异议，要求修复或赔偿。如果装修公司承认问题并承诺解决，但一直未履行，那么你的诉讼时效可能会从装修公司最后一次承诺解决的时间起重新计算。
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
- 例如，如果你在诉讼时效期间的最后六个月内因生病住院无法行使请求权，那么诉讼时效会中止，待你康复出院后继续计算。
最长诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条第二款，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
- 这意味着，即使超过了三年的普通诉讼时效，但如果从权利受到损害之日起未超过二十年，你仍然有可能通过法律途径维护自己的权益，不过需要法院根据具体情况决定是否延长诉讼时效。
三、实际操作建议
收集证据：
- 无论是否超过三年，收集证据都是关键。你需要保留装修合同、付款凭证、问题照片或视频、与装修公司的沟通记录等，以证明装修工程存在问题以及你曾主张过权利。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效的计算和判断可能涉及复杂的法律问题，建议你咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况，分析诉讼时效是否已过，以及是否存在中断、中止等情形，为你提供专业的法律建议。
及时行动：
- 如果你发现装修工程存在问题，且担心诉讼时效可能已过，建议尽快采取行动。你可以先与装修公司协商解决，如果协商无果，再考虑通过法律途径维护自己的权益。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都不同，诉讼时效的计算和判断也可能因案件而异。如果你对装修工程存在的问题有起诉的打算，或者对诉讼时效有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律帮助。