针对您提出的“公司已经注销了但合同专用章丢失了怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、确认注销情况与合同专用章的法律效力
首先，需要明确的是，公司完成合法注销流程后，其包括合同专用章在内的所有公章的法律效力即告失效。您可以通过国家企业信用信息公示系统等官方渠道查询公司的注销状态，并获取《准予注销登记通知书》等证明文件，作为后续处理合同专用章问题的法律依据。
二、合同专用章丢失的即时应对
尽管公司已经注销，但合同专用章的丢失仍可能带来潜在的法律风险，因此需要立即采取以下措施：
向公安机关报案：
- 立即向当地公安机关报案，说明合同专用章丢失的具体情况，包括丢失的时间、地点以及印章的特征等，以便公安机关进行备案和调查。这是防止他人冒用印章、避免法律风险的重要步骤。
发布挂失声明：
- 在当地有影响力的报纸或公司官方渠道上刊登挂失声明，明确声明该合同专用章已丢失并作废。声明中应包含公司名称、原合同专用章的相关信息（如印章编号等）以及挂失的时间，以向社会公众公示印章遗失的事实，降低潜在风险。
三、后续处理措施
无需重新刻制，但需考虑销毁程序：
- 由于公司已经注销，重新刻制合同专用章已无实际意义。但您可以考虑向公安机关申请对原合同专用章进行销毁程序（尽管印章已丢失，但此举旨在从法律和管理层面彻底消除印章可能带来的潜在风险）。不过，实际操作中可能因印章已丢失而无法直接销毁，此时重点在于完成报案和挂失声明等法律程序。
通知相关方（如适用）：
- 如果在注销前与公司有合同往来的相关方（如客户、供应商等）可能因印章丢失而受到影响，您应及时将合同专用章丢失及已采取的措施通知他们，以避免因信息不对称而导致的纠纷。
四、法律依据与合规性
- 根据《印章治安管理办法》的相关规定，印章遗失后应当向备案或批准刻制的公安机关报告，并采取公告形式声明作废。尽管公司已注销，但此规定仍适用于处理印章遗失问题，以确保操作的合规性。
五、地区差异与咨询建议
- 需要注意的是，具体流程和要求可能因地区而异。因此，在处理合同专用章丢失问题时，建议您及时咨询当地工商局、公安机关或相关法律专业人士，以确保操作符合当地法律法规要求。
综上所述，尽管公司已经注销，但合同专用章的丢失仍需采取一系列措施以防范法律风险。通过向公安机关报案、发布挂失声明等步骤，您可以确保公司注销后的法律秩序得到妥善维护。