当公司股东借款年底未归还时，公司可以按照以下步骤来处理这一问题：

一、查看公司章程及股东协议

首先，公司应仔细审查公司章程以及股东之间的协议，看其中是否有关于股东借款未归还的相关约定。如果章程或协议中有明确的规定，那么公司应当按照这些约定的内容来执行，比如规定特定的还款期限、罚息或者违约责任等。

二、书面催款通知

若公司章程和股东协议中没有相关约定，公司应当向借款股东发出书面催款通知。在通知中，公司需要明确限定一个合理的还款期限，并告知股东如果逾期未还，公司将采取进一步的法律措施。这一步骤旨在通过友好协商的方式解决问题，避免不必要的法律纠纷。

三、股东会决议（如适用）

如果书面催款通知后，股东仍未在规定期限内还款，公司可以考虑通过股东会决议的形式，要求该股东返还借款。股东会决议是公司内部治理的一种重要方式，可以体现公司多数股东的意志。

四、诉讼途径

如果上述措施均未能奏效，公司可以通过诉讼途径来解决。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据来证明借款事实，如借条、转账记录、催款通知等。只要能充分证明借款事实，法院通常会支持公司的诉求，判决股东归还借款本金及相应利息。

五、申请强制执行

如果公司胜诉后，股东仍然不履行还款义务，公司可以向法院申请强制执行。法院会采取一系列措施来迫使股东还款，如冻结、划扣其财产等。

六、追究损害赔偿责任

如果股东的借款行为损害了公司或者其他股东的利益，受到损害的一方还可以追究该股东的损害赔偿责任。这要求受损方能够证明股东的借款行为与损害结果之间存在因果关系。

七、注意诉讼时效

在处理股东借款未还问题时，公司还需要注意诉讼时效的问题。一般来说，诉讼时效为三年，公司应及时主张自己的权利，防止因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

八、税务处理

此外，从税务角度来看，如果股东借款跨年未还且未用于公司经营，可能被视作分红，需要缴纳个人所得税。公司应提醒股东注意这一税务风险，并协助其进行合规处理。

综上所述，处理股东借款未还问题需要公司综合考虑多个方面，包括公司章程、股东协议、书面催款、股东会决议、诉讼途径、强制执行、损害赔偿以及诉讼时效等。公司应根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循法定程序来维护自身及股东的合法权益。