公司签订保密协议通常是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
意思自治原则：保密协议作为一种民事合同，其核心在于双方的意思表示真实且一致。只要协议内容是双方自愿签订，充分知晓并认可其中条款，不存在欺诈、胁迫等违背真实意愿的情况，该协议即具备合法的订立基础。
不违反法律法规：保密协议的内容必须不违反法律法规的强制性规定，例如不得侵犯他人合法权益，不得违反公序良俗等。这是协议合法性的重要前提。
主体具备民事行为能力：签订保密协议的主体，如公司与员工，必须具备相应的民事行为能力，能够独立实施签订协议的行为。
合法性意义
保护商业秘密：保密协议有助于保护公司的商业秘密、技术秘密等重要信息，防止因员工或合作方的不当披露而遭受损失。这对于维护公司的竞争优势和市场份额具有重要意义。
明确保密义务：通过签订保密协议，公司可以明确界定商业秘密的范围、保密期限以及双方的权利义务等内容。这有助于员工明确自己的保密义务，增强保密意识，避免因疏忽或故意泄露商业秘密给公司带来损失。
维护市场秩序：保密协议在维护公平有序的市场竞争环境中发挥着重要作用。它防止了不正当竞争行为的发生，保障了市场的健康发展。
合法性操作要点
合理界定保密范围：保密协议中约定的保密范围应合理明确，不能无限扩大员工的义务。否则，可能导致协议无效或引发纠纷。
设定合理保密期限：保密期限应在合理限度内设定。过长的保密期限可能限制员工的合理流动，甚至引发劳动争议。
支付合理保密费用：根据公平原则，公司应向员工支付合理的保密费用，以平衡双方的权利义务。这有助于增强员工对保密协议的认同感和遵守意愿。
可能的法律后果
若公司或员工违反保密协议的约定，将可能承担相应的法律责任。这包括但不限于赔偿损失、承担违约责任等。因此，在签订和履行保密协议的过程中，双方应严格遵守协议约定，确保协议的有效执行。
建议：公司在签订保密协议时，应确保协议内容合法合规、明确具体，并充分考虑员工的合理权益。同时，员工在签订保密协议前也应仔细阅读协议条款，确保自己能够履行保密义务。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。