在商品运输一半时用户不要了并申请退款，运费的承担问题需根据具体情况来判断，以下分情况说明：
合同中有明确约定：
- 如果货物买卖合同中明确规定了，在买方中途退货的情况下，运费的承担方式（例如由买方承担、由卖方承担或按一定比例分担），那么应当遵循合同中的约定。这是基于合同自由原则，即合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务。
合同中没有明确约定：
- 根据交易习惯或行业惯例：如果合同中没有明确约定，但双方长期合作中形成了交易习惯，或者该行业有普遍接受的惯例，那么可以参照这些习惯或惯例来确定运费的承担。例如，某些行业可能默认在买方中途退货的情况下，运费由买方承担。
- 根据法律规定：在合同没有约定且没有交易习惯或行业惯例可参照的情况下，可以依据相关法律规定来判断。一般来说，如果买方无正当理由中途退货，可能构成违约，此时买方可能需要承担因退货而产生的额外费用，包括运费。但具体还需看买方退货的理由是否合法合理，以及是否给卖方造成了实际损失。
- 考虑公平原则：在处理此类纠纷时，法院或仲裁机构也会考虑公平原则。如果买方退货是由于卖方的原因（如货物质量问题、交货延迟等），那么运费可能由卖方承担。反之，如果买方无正当理由退货，且给卖方造成了运费损失，那么买方可能需要承担这部分费用。
法律建议：
- 审查合同：首先，双方应仔细审查货物买卖合同中的相关条款，特别是关于退货和运费承担的部分。
- 协商解决：如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方可以尝试通过协商来解决运费承担问题。协商时可以考虑交易习惯、行业惯例以及公平原则等因素。
- 寻求法律途径：如果协商无果，双方可以寻求法律途径来解决纠纷。可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，由法院或仲裁机构根据合同、交易习惯、行业惯例以及法律规定来作出裁决。
可能后果：
- 如果买方被判定需要承担运费，但拒绝支付，卖方可以通过法律途径追讨运费，并可能要求买方承担因追讨运费而产生的额外费用（如诉讼费、律师费等）。
- 如果卖方被判定需要承担运费，但认为买方退货无正当理由或给卖方造成了其他损失，卖方也可以提起反诉或另行起诉要求买方赔偿损失。
总结：商品运输一半时用户不要了并申请退款，运费的承担问题需根据合同约定、交易习惯、行业惯例以及法律规定来综合判断。在处理此类纠纷时，建议双方先尝试协商解决，协商无果再寻求法律途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。