结论前置：

1. 一般情况下：没黄灯绿灯直接暗了（即变为红灯）时，若车辆在红灯亮起时整体越过停止线并继续行驶通过路口，算闯红灯，将面临罚款20元以上200元以下，驾驶证记6分的处罚。
2. 特殊情况下：如果因信号灯故障（如没有黄灯直接变红灯）导致误闯红灯，驾驶员可以向交警部门提出申诉，提供相关证据后，交警部门在核实情况后一般会撤销处罚。

详细分析：

一、一般情况下闯红灯的判定与处罚

在交通法规中，闯红灯是一种明确的交通违法行为。其判定主要依据电子眼的抓拍照片，通常需要三张照片来认定：车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。当这三张照片齐备时，就会被认定为闯红灯。

处罚依据：

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
• 同时，依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分。

处罚措施：

• 因此，若被认定为闯红灯，驾驶者通常会面临罚款20元以上200元以下的处罚，并且驾驶证会被记6分。具体的罚款数额可能会因地区而异，由当地的交通管理部门根据实际情况确定。

二、特殊情况下闯红灯的申诉与处理

如果因为信号灯故障（如没有黄灯直接变红灯）导致驾驶员误闯红灯，驾驶员有权向交警部门提出申诉。

申诉流程：

1. 收集证据：驾驶员需要收集相关证据，如行车记录仪视频、现场照片等，以证明信号灯存在故障或自己是在误判的情况下闯红灯。
2. 提交申诉：驾驶员可以到当地的交警部门提交申诉，并提供收集到的证据。
3. 核实处理：交警部门在收到申诉后，会进行核实处理。如果确认信号灯存在故障或驾驶员确实是在误判的情况下闯红灯，一般会撤销对该起闯红灯违法行为的处罚。

三、驾驶建议

为避免不必要的麻烦和处罚，驾驶员在驾驶过程中应时刻保持警惕，严格遵守交通规则。特别是在遇到交通信号灯故障或异常情况时，应及时向相关部门反映并协助处理。同时，驾驶员也可以考虑安装行车记录仪等设备，以便在需要时提供证据支持自己的申诉。

总结：没黄灯绿灯直接暗了时，若车辆在红灯亮起时整体越过停止线并继续行驶通过路口，算闯红灯，将面临相应的处罚。但如果因信号灯故障导致误闯红灯，驾驶员可以向交警部门提出申诉并提供相关证据，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。