关于“师生关系超过三年法律怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，法律对于师生关系的处理，并非单纯基于时间的长短（如超过三年），而是主要关注师生之间是否存在违法犯罪行为，特别是针对未成年人的犯罪行为。
根据最高人民法院、最高人民检察院、教育部联合发布的《关于落实从业禁止制度的意见》，我们可以得知以下几点关键信息：
从业禁止制度：该意见明确规定了教职员工在实施性侵害、虐待、拐卖、暴力伤害等针对未成年人的犯罪时，人民法院应当依照《未成年人保护法》的相关规定，判决禁止其从事密切接触未成年人的工作。这是为了保护未成年人的身心健康和安全，防止他们再次受到伤害。
禁止期限：对于教职员工实施前述规定以外的其他犯罪，人民法院可以根据犯罪情况和预防再犯罪的需要，判决禁止其自刑罚执行完毕之日或者假释之日起从事相关职业，期限为三年至五年。这一规定体现了法律对犯罪教职员工的严厉惩处和对未成年人保护的重视。
判决生效后的处理：在教职员工犯罪案件的判决生效后，人民法院应当向教育行政部门送达裁判文书。教育行政部门在收到裁判文书后，可以依照相关法律法规对犯罪教职员工给予相应处理、处分和处罚，包括但不限于撤销教师资格、收缴教师资格证书等。
特殊保护原则：整个意见都贯穿了“最有利于未成年人”的原则，强调对未成年人的特殊、优先保护。这意味着在处理师生关系中的违法犯罪行为时，法律会优先考虑未成年人的权益和安全。
针对您提出的问题，如果师生关系中存在违法犯罪行为，特别是针对未成年人的犯罪行为，无论这种关系持续了多久（如超过三年），法律都会根据犯罪的性质和情节进行严厉惩处。如果教职员工被判决禁止从事密切接触未成年人的工作或相关职业，那么他们将无法继续担任教师或从事与教育相关的职业。
因此，师生关系超过三年并不是法律处理的决定性因素，关键在于师生之间是否存在违法犯罪行为以及这些行为对未成年人的影响。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议及时向相关部门报案并寻求法律帮助。