若公司已用知识产权完成实缴出资，后续又进行减资操作，需分情况处理，核心在于确保程序合法合规并保护债权人利益，具体如下：

一、减资的合法程序必须履行

1. 股东会决议：减资必须经代表三分之二以上表决权的股东通过，形成有效的股东会决议。这是减资的法定前提，确保决策程序合法。

2. 编制资产负债表及财产清单：公司需在减资决议作出之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。这是保护债权人利益的关键步骤，确保债权人知晓公司减资情况并有机会主张权利。

3. 债权人保护程序：债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司必须妥善处理债权人的请求，否则可能面临法律风险。

4. 变更登记：完成上述程序后，公司需向工商登记机关申请变更登记，将注册资本减至实际金额。这是减资的最终步骤，确保公司注册资本的公示信息与实际情况一致。

二、知识产权实缴出资的特殊性处理

1. 知识产权评估与处置：若减资涉及知识产权的退出或部分退出，需对知识产权进行重新评估，确定其当前价值。若知识产权价值已发生显著变化，需妥善处理评估差异，避免损害公司或股东利益。

2. 实缴出资的返还：若减资导致股东实缴出资部分或全部返还，需明确返还方式（如现金、其他资产等）及税务处理。特别是知识产权实缴出资的返还，可能涉及增值税、所得税等税务问题，需提前规划并咨询税务机关。

3. 公司章程修订：减资后，公司章程中关于注册资本、股东出资方式及金额等条款需相应修订，确保公司章程与实际情况一致。

三、潜在法律风险及防范

1. 债权人追责风险：若减资程序不合法或未妥善处理债权人请求，债权人可能要求公司清偿债务或提供担保，甚至提起诉讼。公司需确保减资程序合法合规，并妥善处理债权人关系。

2. 股东责任风险：若减资导致公司偿债能力下降，股东可能在未缴出资范围内承担补充赔偿责任。股东需关注减资对公司偿债能力的影响，并提前规划风险防范措施。

3. 税务合规风险：知识产权实缴出资的返还可能涉及税务问题，如未妥善处理可能导致税务处罚。公司需提前咨询税务机关，确保税务处理合规。

建议：减资操作涉及公司法、税法等多领域法律问题，建议公司在操作前咨询专业律师，确保程序合法合规并有效防范法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询。